一起无菌性脑膜炎疫情中埃可病毒30型的全基因组分析

对引起一起无菌性脑膜炎的埃可病毒30型（（Echovirus 30,E30）毒株进行全基因组测序，并分析其遗传变异和分子进化特征。提取病毒RNA，荧光RT-PCR确定为肠道病毒，再扩增其VP1区，测序确定为E30，设计针对E30全基因组的引物，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用DNAMAN 9.0、MEGA X、RDP 5和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。E30无锡株基因组全长7 425 bp个核苷酸（nt）,5′端和3′端分别为743 nt和97 nt的UTR，二个UTR之间为一个6 585 nt长的开放阅读框，编码一个含2 195个氨基酸（aa）的多聚蛋白。与GenBank中基因组序列比对，最同源的是毒株USA/2017/CA-RGDS-1048 （基因登录号：MN153801），核苷酸同源性为97.5%，氨基酸同源性为99.1%。VP1基因进化树分析显示，E30无锡株属于h型，并可归类于h型下分的基因簇GroupⅣ。种系进化分析和同源性分析提示E30无锡株可上溯到中国江苏毒株FDJS03毒株。分析还发现E30无锡株在非结构区存在重组，重组序列可能来自E3...