2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎(BA.1.1)变异株基因特征分析 |
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作者姓名: | 孙初阳 邱丽 李丹丹 苏林梁 蔡英桂 邝仕壮 陈海云 吴庆梓 甘晓婷 王如敏 曾云婷 张亚淋 潘正帆 崔蕾 遇晓杰 马焱 |
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作者单位: | 海南省疾病预防控制中心 |
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基金项目: | 海南省自然科学基金资助(项目号:820MS157),题目:海南省新型冠状病毒基因进化与变异研究~~; |
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摘 要: | 为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎(BA.1.1)变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定,Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析,采用MEGA 10.1.8邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树,结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎(BA.1.1)变异株基因组高度相似,同武汉参考序列(GenBank No.NC_045512)相比,存在63或64个核苷酸突变位点,39个核苷酸位点缺失,22204位点有9个核苷酸插入,引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突(Spike, S)蛋白存在32个氨基酸突变位点,S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变...
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关 键 词: | 新型冠状病毒 奥密克戎变异株 基因特征 |
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