| 2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎（BA.1.1）变异株基因特征分析 |
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| 引用本文： | 孙初阳,邱丽,李丹丹,苏林梁,蔡英桂,邝仕壮,陈海云,吴庆梓,甘晓婷,王如敏,曾云婷,张亚淋,潘正帆,崔蕾,遇晓杰,马焱.2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎（BA.1.1）变异株基因特征分析[J].病毒学报,2023(6):1642-1649. |
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| 作者姓名： | 孙初阳 邱丽 李丹丹 苏林梁 蔡英桂 邝仕壮 陈海云 吴庆梓 甘晓婷 王如敏 曾云婷 张亚淋 潘正帆 崔蕾 遇晓杰 马焱 |
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| 作者单位： | 海南省疾病预防控制中心 |
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| 基金项目： | 海南省自然科学基金资助（项目号：820MS157）,题目：海南省新型冠状病毒基因进化与变异研究~~； |
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| 摘 要： | 为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株病原学特点的认识，本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎（BA.1.1）变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定，Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析，采用MEGA 10.1.8邻位归并法（Neighbour-joining）绘制系统进化树，结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎（BA.1.1）变异株基因组高度相似，同武汉参考序列（GenBank No.NC＿045512）相比，存在63或64个核苷酸突变位点，39个核苷酸位点缺失，22204位点有9个核苷酸插入，引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突（Spike, S）蛋白存在32个氨基酸突变位点，S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变...
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| 关 键 词： | 新型冠状病毒 奥密克戎变异株 基因特征 |
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