| 利用木质纤维素类生物质产微生物絮凝剂Pseudomonas boreopolis GO2的全基因组测序及比较基因组学分析 |
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| 引用本文： | 冯嘉茵,何继堃,孙嘉怡,符学志,袁佳骜,郭海朋.利用木质纤维素类生物质产微生物絮凝剂Pseudomonas boreopolis GO2的全基因组测序及比较基因组学分析[J].微生物学报,2023,63(2):786-804. |
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| 作者姓名： | 冯嘉茵 何继堃 孙嘉怡 符学志 袁佳骜 郭海朋 |
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| 作者单位： | 宁波大学 农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室, 浙江 宁波 315211;宁波大学海洋学院, 浙江 宁波 315211 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(21801143)；宁波市公益计划(2019C10077) |
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| 摘 要： | 【目的】Pseudomonas boreopolis GO2可以利用木质纤维素类生物质为唯一碳源发酵产微生物絮凝剂。解析菌株GO2的全基因组特征可为利用木质纤维素类生物质定向合成多糖型微生物絮凝剂提供分子基础。【方法】利用Illumina NovaSeq测序平台对菌株GO2进行测序，用SMRT等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释，并与4株近缘模式株进行了比较基因组分析。【结果】菌株GO2基因组大小为4 498 896 bp,GC含量为69.5%，共编码3 906个基因。菌株GO2与Pseudomonas boreopolis JCM 13306的16S r RNA基因相似性、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)、DNA-DNA杂交(DNA-DNA hybridization, DDH)值最高，分别为99.93%、98.36%和88.00%，将菌株GO2命名为Pseudomonas boreopolis GO2。比较基因组分析发现，GO2与4个近缘模式菌株共有2 348个直系同源核心基因，主要参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢...
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| 关 键 词： | Pseudomonas boreopolis GO2 微生物絮凝剂 比较基因组 CAZy家族基因 基因簇 |
| 收稿时间： | 2022/6/28 0:00:00 |
Genome sequencing and comparative genome analysis of Pseudomonas boreopolis GO2, a strain producing bioflocculant with lignocellulosic biomass |
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| FENG Jiayin,HE Jikun,SUN Jiayi,FU Xuezhi,YUAN Jiaao,GUO Haipeng.Genome sequencing and comparative genome analysis of Pseudomonas boreopolis GO2, a strain producing bioflocculant with lignocellulosic biomass[J].Acta Microbiologica Sinica,2023,63(2):786-804. |
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| Authors: | FENG Jiayin HE Jikun SUN Jiayi FU Xuezhi YUAN Jiaao GUO Haipeng |
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| Institution: | State Key Laboratory for Managing Biotic and Chemical Threats to the Quality and Safety of Agro-Products, Ningbo University, Ningbo 315211, Zhejiang, China;School of Marine Science, Ningbo University, Ningbo 315211, Zhejiang, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Pseudomonas boreopolis GO2 bioflocculant comparative genome analysis CAZy family genes gene cluster |
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