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Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法
引用本文:王怡,郭躬德. Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法[J]. 生物物理学报, 2012, 0(6): 499-508
作者姓名:王怡  郭躬德
作者单位:福建师范大学数学与计算机科学学院;福建师范大学网络安全与密码技术福建省高校重点实验室
基金项目:国家自然科学基金项目(61070062);福建高校产学合作科技重大项目(2010H6007)~~
摘    要:信号肽预测是蛋白质功能预测中最重要的问题之一。为了避免使用滑动窗口造成的样本不平衡等问题,序列比对方法被有效地运用到了信号肽预测中。考虑到信号肽是蛋白质序列局部片段所体现的生物特性,本文提出一种局部序列匹配相似度的方法来预测信号肽,在采用氨基酸相对疏水性编码方案的基础上,搜索蛋白质局部匹配子序列,根据替换矩阵BLOSUM62来度量两个蛋白质的相似性,最后采用k最近邻思想进行分类。在目前广泛使用的SwissProt数据集上进行实验,结果表明该方法具有一定的高预测率。

关 键 词:信号肽  氨基酸疏水性  局部序列匹配  k最近邻

Signal-LMS: Prediction for Signal Peptides Based on the Local Matching Similarity of Alignment
WANG Yi,GUO Gongde. Signal-LMS: Prediction for Signal Peptides Based on the Local Matching Similarity of Alignment[J]. Acta Biophysica Sinica, 2012, 0(6): 499-508
Authors:WANG Yi  GUO Gongde
Affiliation:1,2 1.School of Mathematics and Computer Science,Fujian Normal University,Fuzhou 350007,China; 2.Key Laboratory of Network Security and Cryptography,Fujian Normal University,Fuzhou 350007,China
Abstract:
Keywords:
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