| Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法 |
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| 引用本文： | 王怡,郭躬德.Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法[J].生物物理学报,2012(6):499-508. |
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| 作者姓名： | 王怡 郭躬德 |
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| 作者单位： | 福建师范大学数学与计算机科学学院;福建师范大学网络安全与密码技术福建省高校重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(61070062);福建高校产学合作科技重大项目(2010H6007)~~ |
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| 摘 要： | 信号肽预测是蛋白质功能预测中最重要的问题之一。为了避免使用滑动窗口造成的样本不平衡等问题,序列比对方法被有效地运用到了信号肽预测中。考虑到信号肽是蛋白质序列局部片段所体现的生物特性,本文提出一种局部序列匹配相似度的方法来预测信号肽,在采用氨基酸相对疏水性编码方案的基础上,搜索蛋白质局部匹配子序列,根据替换矩阵BLOSUM62来度量两个蛋白质的相似性,最后采用k最近邻思想进行分类。在目前广泛使用的SwissProt数据集上进行实验,结果表明该方法具有一定的高预测率。
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| 关 键 词： | 信号肽 氨基酸疏水性 局部序列匹配 k最近邻 |
Signal-LMS: Prediction for Signal Peptides Based on the Local Matching Similarity of Alignment |
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| WANG Yi,GUO Gongde.Signal-LMS: Prediction for Signal Peptides Based on the Local Matching Similarity of Alignment[J].Acta Biophysica Sinica,2012(6):499-508. |
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| Authors: | WANG Yi GUO Gongde |
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| Institution: | 1,2 1.School of Mathematics and Computer Science,Fujian Normal University,Fuzhou 350007,China; 2.Key Laboratory of Network Security and Cryptography,Fujian Normal University,Fuzhou 350007,China |
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