| 测序深度对RNA编辑识别算法的影响 |
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| 引用本文： | 赵诚辉,洪浩,李宛莹,李睿江,江帅,李昊,陈河兵,伯晓晨. 测序深度对RNA编辑识别算法的影响[J]. 生物化学与生物物理进展, 2019, 46(12): 1203-1209 |
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| 作者姓名： | 赵诚辉 洪浩 李宛莹 李睿江 江帅 李昊 陈河兵 伯晓晨 |
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| 作者单位： | 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850,军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,北京 100850 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重点项目(U1435222)资助. |
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| 摘 要： | RNA编辑是重要的转录后修饰过程,目前已有多种算法用于识别RNA编辑,本文主要研究小鼠中测序深度对RNA编辑识别算法的影响,从而为RNA编辑的研究给出建议的方法. 本文使用STAR比对软件将小鼠的RNA-seq数据进行序列比对,然后使用GATK识别SNV,并用Separate Method、GIREMI、RNAEditor 3种方法识别出RNA编辑位点. 最后对3种方法识别RNA编辑位点的共同部分、识别效率、识别稳定性、识别与测序深度的关系进行分析. 结果发现3种方法识别的编辑位点数目差异大,共有位点较少,随着测序深度的增加,识别的RNA编辑位点数也在增加. 结果表明RNA编辑识别算法在小鼠中的识别性能与测序深度呈正相关.
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| 关 键 词： | RNA编辑 测序深度 |
| 收稿时间： | 2019-02-28 |
| 修稿时间： | 2019-08-18 |
The Impact of Sequencing Depth on RNA Editing Identification |
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| ZHAO Cheng-Hui,HONG Hao,LI Wan-Ying,LI Rui-Jiang,JIANG Shuai,LI Hao,CHEN He-Bing and BO Xiao-Chen. The Impact of Sequencing Depth on RNA Editing Identification[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2019, 46(12): 1203-1209 |
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| Authors: | ZHAO Cheng-Hui HONG Hao LI Wan-Ying LI Rui-Jiang JIANG Shuai LI Hao CHEN He-Bing BO Xiao-Chen |
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| Affiliation: | Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China,Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Beijing 100850, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA editing sequencing depth |
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