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| 厌氧性粘菌基因组中密码对的使用 | |
| 引用本文： | 王芳平,李宏,王志坚,刘国庆.厌氧性粘菌基因组中密码对的使用[J].生物信息学,2010,8(3):258-262. |
| 作者姓名： | 王芳平 李宏 王志坚 刘国庆 |
| 作者单位： | 1. 天水师范学院数理与信息科学学院物理系,天水,741001;内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特,010021 2. 内蒙古大学物理科学与技术学院,呼和浩特,010021 3. 天水师范学院数理与信息科学学院物理系,天水,741001 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金，高等学校博士点基金 |
| 摘 要： | 分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可能是四个方面压力的结果:(1)基因组局部的及整体的GC含量,(2)密码对中二核苷酸的组分,(3)氨基酸的亲疏水性,(4)基因组中二肽的保守水平。 |
| 关 键 词： | 密码对 二核苷酸 氨基酸 二肽 |
Analysis of codon-pair usage bias in Anaeromyxobacter dehalogenans |
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| WANG Fang-ping,LI Hong,WANG Zhi-jian,LIU Guo-qing.Analysis of codon-pair usage bias in Anaeromyxobacter dehalogenans[J].China Journal of Bioinformation,2010,8(3):258-262. | |
| Authors: | WANG Fang-ping LI Hong WANG Zhi-jian LIU Guo-qing |
| Institution: | 1.Department of Physics,School of Mathematics-Physics and Information Science,TianShui Normal University,Tianshui,Gansu 741001,China;2.School of Physical Science and Technology,Inner Mongolia University,Hohhot 010021,China) |
| Abstract: | The codon-pair usage was analyzed in the genome of Anaeromyxobacter dehalogenans in this paper.It is found that its codon-pair usage is highly biased,and about percent 5.2 modes of codon-piar is absent.Our results show that the pattern of codon paring in the genome analyzed could be the result of at least four different forces：（i） the local and total genome GC content,（ii） composition of dinucleotides of codon-pair,（iii） the hydropathy level of each amino,and（iv） the level of dipeptides conservation. |
| Keywords: | codon-pair dinucleotide amino acid dipeptide |
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