| 丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因在结肠腺癌中预后模型的建立及应用 |
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| 引用本文： | 闫学新,汪大伟,栾郑豪,汪桐,宋佳,尚策,梁德森.丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因在结肠腺癌中预后模型的建立及应用[J].生物信息学,2024,22(1):37-46. |
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| 作者姓名： | 闫学新 汪大伟 栾郑豪 汪桐 宋佳 尚策 梁德森 |
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| 作者单位： | 哈尔滨医科大学附属第一医院 肛肠外科,哈尔滨 150001 |
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| 基金项目： | 哈尔滨医科大学附属第一医院优秀(杰出)青年医学人才培养资助项目(No.HYD2020JQ0011). |
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| 摘 要： | 应用生物信息学方法,构建结肠腺癌(COAD)丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因预后模型。从TCGA数据库和GEO数据库下载结肠腺癌(COAD)转录组和临床数据,根据数据中SERPINs家族基因的表达量对COAD患者进行一致性聚类分析；将数据随机均分为训练集(Train)组和验证集(Test)组,基于两个亚型的差异基因,利用Train组进行COX回归和Lasso回归构建预后模型,根据模型风险评分中位值将样本分为高、低风险两组,绘制高低风险组患者生存曲线；通过ROC曲线评价模型预测能力；利用Test组数据验证模型；构建列线图,评估患者生存率模型预测值与实际值的一致性；并利用利用ESTIMATE算法和CIBERSORT算法评估风险评分和肿瘤微环境(TME)以及免疫浸润的相关性。通过34个SERPIN基因确定了两个亚型,基于2个亚型筛选出了436个预后相关分型差异基因,通过Lasso回归确定出了11个预后相关基因参与风险模型的构建,根据模型评分区分的高低风险组具有明显的生存差异,列线图可以准确预测1、3和5年生存率。肿瘤微环境分析和免疫浸润分析显示高风险评分组患者免疫活性差。SERPIN家族相关基因构建的风险评分模型能够预测COAD的预后,有利于进一步指导临床对COAD的诊治,提高患者生存率。
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| 关 键 词： | 丝氨酸蛋白酶抑制剂 结肠腺癌 预后模型 免疫浸润 |
| 收稿时间： | 2022/12/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2023/2/2 0:00:00 |
Establishment and application of serine protease inhibitor (SERPIN) family related genes in a prognostic model of colon adenocarcinoma |
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| YAN Xuexin,WANG Dawei,LUAN Zhenghao,WANG Tong,SONG Ji,SHANG Ce,LIANG Desen.Establishment and application of serine protease inhibitor (SERPIN) family related genes in a prognostic model of colon adenocarcinoma[J].China Journal of Bioinformation,2024,22(1):37-46. |
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| Authors: | YAN Xuexin WANG Dawei LUAN Zhenghao WANG Tong SONG Ji SHANG Ce LIANG Desen |
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| Institution: | Department of Anal and Intestinal Surgery, The First Hospital of Harbin Medical University, Harbin 150001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Serine protease inhibitor Prognosis model Colon adenocarcinoma Immune infiltration |
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