| R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究 |
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| 引用本文： | 林春娇,杨立荣,徐刚,吴坚平. R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究[J]. 生物技术通报, 2011, 0(10) |
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| 作者姓名： | 林春娇 杨立荣 徐刚 吴坚平 |
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| 作者单位： | 浙江大学化学工程与生物工程学系,杭州,310027 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重点项目(20936002); 国家高技术研究发展计划“863”计划(2010AA101502); 国家重点基础研究发展计划“973”计划(2011CB710800); 国家科技支撑计划重点项目(2008BAI63B07) |
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| 摘 要： | 对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据.采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck 验证结构模型的合理性.使用Suflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用.序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71％.Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合.模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn2.03外大部分都比较保守.分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是值点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Aan具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应.利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln.突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用.
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| 关 键 词： | R-2-卤代酸脱卤酶 同源模建 分子对接 假单胞菌ZJU26 对映体选择性 |
Homology Modeling and Substrate Enantioselectivity for R- 2-haloacid Dehalogenase |
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| Lin Chunjiao,Yang Lirong,Xu Gang,Wu Jianping. Homology Modeling and Substrate Enantioselectivity for R- 2-haloacid Dehalogenase[J]. Biotechnology Bulletin, 2011, 0(10) |
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| Authors: | Lin Chunjiao Yang Lirong Xu Gang Wu Jianping |
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| Affiliation: | Lin Chunjiao Yang Lirong Xu Gang Wu Jianping(Department of Chemical and Biological Engineering,Zhejiang University,Hangzhou 310027) |
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| Abstract: | A model of R-2-haloacid dehalogenase(DehI-R)from Pseudomonas sp.ZJU26,built by homology modeling,was docked with substrates to analyze the interaction between them,for the purpose of providing the theoretical basis of the enzyme's enantioselectivity.The three dimensional structure of the DehI-R was constructed by APM in Sybyl.The reliability of the model was assessed by Procheck.The interaction of the enzyme and substrate was analyzed by Surflex-Docking.Sequence alignment indicated that the dehI-R from Pseu... |
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| Keywords: | R-2-haloacid dehalogenase Homology modeling Molecular docking Pseudomonas sp.ZJU26 Enantioselectivity |
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