家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析

为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性， 对检索获得的家蚕第12连锁群的4 465条EST序列进行了分析， 整理和拼接后得到581条非冗余EST序列， 总长度约为480 kb。其中， 有122条序列中共检测到154个EST-SSR， 占所研究的EST序列的2.73%， 平均每3.12 kb 含有一个EST-SSR。在所检测的EST-SSR中， 三核苷酸和四核苷酸重复是主导类型， 分别占总数的36.36%和28.57%,大部分表现为Perfect形式； 核苷酸重复平均长度约为16.2 bp， 最长为30 bp。进一步进行同源性分析， 发现有26条序列可以在NCBI中检索到同源序列， 在这些序列中一共含有40个SSR, 其中14个(35.0%)位于5′-UTR, 11个(27.5%)位于3′-UTR, 15个(37.5%)位于CDS区。根据筛选到的微卫星序列设计11对引物， 其中8对引物有扩增产物， 且条带清晰； 应用引物ES1204对8个家蚕品种进行PCR扩增都呈现多态性。结果说明通过家蚕EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径。

Searching and analysis of EST-SSR markers from linkage group 12 of the silkworm,Bombyx mori

In order to explore the polymorphism of EST-SSR markers in silkworm,we retrieved and analyzed 4 465 expressed sequence tags(ESTs) on linkage group 12 of the silkworm,Bombyx mori.After splicing and jointing,we obtained 581 non-redundant ESTs with the total length about 480 kb.A total of 154 simple sequence repeats(EST-SSRs) were detected in 122 ESTs which accounted for 2.73% of all the investigated ESTs,meaning one EST-SSR per 3.12 kb on average.Trinucleotide repeats and tetranucleotide repeats were the main...