| 摘 要： | 【目的】为解析甘蔗基因组的密码子使用特征，提高异源基因在甘蔗中的表达效率。【方法】以已发布的甘蔗属种（热带种LA-purple、割手密NP-X和AP85-441）及其近缘属种蔗茅（Yunnan2009-3）基因组为数据，利用Python、CodonW1.4.2进行密码子偏好性分析，同时通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot等分析探讨密码子偏好性形成的影响因素，并结合转录组测序数据分析密码子偏好性参数与基因表达水平的相关性。最后,基于RSCU均值与7个主要模式生物种（玉米、高粱、水稻、拟南芥、烟草、大肠杆菌、酿酒酵母）的密码子使用模式进行比较分析。【结果】显示热带种、割手密和蔗茅的基因组都富含GC，平均GC含量为56.3%，且GC3>GC1>GC2,倾向于使用以G/C结尾的密码子,平均ENC值为48.45，偏好性较低。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明它们的密码子偏好性受到自然选择、突变压力等多种因素的共同影响，其中自然选择占主导作用。相关性分析表明密码子偏好性参数与基因实际的转录表达水平存在显著相关性，但相关性不强。根据RSCU和?RSCU值，确...
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