GWGS芯片整合分析识别外周血细胞中与骨质疏松症相关的枢纽基因 |
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引用本文: | 黎海霞,许阳,邓凯丽,李然,肖苏妹.GWGS芯片整合分析识别外周血细胞中与骨质疏松症相关的枢纽基因[J].生命科学研究,2020,24(2):102-108. |
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作者姓名: | 黎海霞 许阳 邓凯丽 李然 肖苏妹 |
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作者单位: | 中山大学公共卫生学院,中国广东广州510030;中山大学公共卫生学院,中国广东广州510030;中山大学公共卫生学院,中国广东广州510030;中山大学公共卫生学院,中国广东广州510030;中山大学公共卫生学院,中国广东广州510030 |
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基金项目: | 国家自然科学基金;广东省自然科学基金;广州市珠江科技新星项目 |
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摘 要: | 为了对骨质疏松症基因芯片数据集进行整合分析并识别出外周血细胞中与骨质疏松症相关的枢纽基因,通过检索GEO和ArrayExpress数据库获得骨质疏松症相关的表达谱芯片数据集;运用GWGS (genome-wide global significance)方法对纳入的数据集进行整合分析,筛选出差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs);然后,运用GO (gene ontology)富集分析和KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析对差异表达基因进行功能注释,并建立蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,筛选出骨质疏松症相关的枢纽基因。公共数据库检索得到3个符合纳入排除标准的研究集, GWGS整合分析筛选出排序前200的DEGs,这些基因主要富集的GO条目为脂多糖的细胞反应、凋亡过程和炎症反应,与骨质疏松症相关的KEGG富集通路为破骨细胞分化等。PPI分析进一步检测到与骨质疏松症相关的10个枢纽基因,其中9个基因已有研究报道和骨质疏松症的发生发展相关,而ELANE基因还未有研究报道与骨质疏松症有关。ELANE基因同时在人的骨髓组织、小鼠骨髓和骨组织中高表达,这个基因很可能与骨质疏松症有潜在的联系。本研究的结果将有助于进一步理解骨质疏松症的分子致病机理。
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关 键 词: | 骨质疏松症 外周血细胞 表达谱 基因芯片 GWGS方法 差异表达基因(DEGs) |
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