联合TCGA和GEO数据库构建和分析胃癌中circRNA相关的ceRNA网络 |
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引用本文: | 李让,廖苑君,孙胜南,蓝树金,赵小蕾,覃继恒,饶绍奇.联合TCGA和GEO数据库构建和分析胃癌中circRNA相关的ceRNA网络[J].生命科学研究,2020,24(4):275-283. |
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作者姓名: | 李让 廖苑君 孙胜南 蓝树金 赵小蕾 覃继恒 饶绍奇 |
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作者单位: | 广东医科大学公共卫生学院,中国广东东莞523808;广东医科大学医学系统生物学研究所,中国广东东莞523808;广东医科大学医学系统生物学研究所,中国广东东莞523808 |
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基金项目: | 国家自然科学基金;茂名市人民医院高水平建设科研专项 |
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摘 要: | 环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类呈闭环状结构的竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA),其通过竞争性地吸附微RNA (microRNA, mi RNA)来调节基因表达。circRNA失调与癌细胞的增殖、分化和侵袭等密切相关。本研究基于生物信息学分析和多数据库的联合应用,以ceRNA为切入点探析胃癌中circRNA潜在的致病机制,以期为胃癌提供潜在的临床诊疗靶点,并为胃癌的科学研究提供新思路。首先,通过挖掘胃癌差异表达的circRNA、mi RNA和m RNA构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络;随后,利用网络拓扑属性分析确定核心的节点,并根据这些核心的节点从原始的ceRNA网络中提取子网;最后,对子网进行功能学分析和生存分析,分析网络行使的生物学功能并挖掘预后相关的基因。结果显示:共挖掘了6个核心节点(hsa_circ_0008468、hsa_circ_0005822、hsa_circ_0025842、hsa-miR-940、hsa-miR-944及hsa-miR-515-5p);从原始的ceRNA网络中提取了包含8对circRNA-miRNA和539个mi RNA-m RNA关系对的子网络。功能富集结果表明子网涉及癌症相关的多个生物学过程,包括代谢途径、cAMP信号通路、pathways in cancer信号通路等,生存分析发现子网中ACO2、E2F8、GHR、ITIH5等14基因与预后显著相关,这表明3个核心circRNA介导的ceRNA网络与胃癌的发生发展及预后密切相关。
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关 键 词: | 竞争性内源RNA (ceRNA) 胃癌 ceRNA网络 环状RNA (circRNA) 生物信息学分析 |
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