| 拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析 |
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| 引用本文： | 邢永强,何泽学,刘国庆,蔡禄. 拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析[J]. 生物化学与生物物理进展, 2019, 46(11): 1118-1129 |
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| 作者姓名： | 邢永强 何泽学 刘国庆 蔡禄 |
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| 作者单位： | 1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院,包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室,包头 014010,1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院,包头 014010,1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院,包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室,包头 014010,1)内蒙古科技大学生命科学与技术学院,包头 014010;2)内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室,包头 014010 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(61662055, 61671256, 31660322)、内蒙古自然科学基金(2018MS03024)和内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划资助项目. |
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| 摘 要： | 可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源. 近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-mRNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关. 本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析. 该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.
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| 关 键 词： | 拟南芥 差异表达基因 差异可变剪接 组织特异性 |
| 收稿时间： | 2019-06-24 |
| 修稿时间： | 2019-09-07 |
Differential Analysis of Gene Expression and Alternative Splicing in Different Tissues of Arabidopsis thaliana |
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| XING Yong-Qiang,HE Ze-Xue,LIU Guo-Qing and CAI Lu. Differential Analysis of Gene Expression and Alternative Splicing in Different Tissues of Arabidopsis thaliana[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2019, 46(11): 1118-1129 |
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| Authors: | XING Yong-Qiang HE Ze-Xue LIU Guo-Qing CAI Lu |
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| Affiliation: | 1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China,1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China,1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China,1)School of Life Science and Technology, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China;2)The Inner Mongolia Key Laboratory of Functional Genome Bioinformatics, Inner Mongolia University of Science and Technology, Baotou 014010, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Arabidopsis thaliana differentially expressed gene differential alternative splicing tissue specificity |
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