| 齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 周雅,高贝,张道远. 齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析[J]. 生物信息学, 2014, 12(4): 233-241 |
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| 作者姓名： | 周雅 高贝 张道远 |
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| 作者单位： | 中国科学院新疆生态与地理研究所，中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室，新疆 乌鲁木齐830011,中国科学院大学,北京,100049,中国科学院新疆生态与地理研究所，中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室，新疆 乌鲁木齐830011 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 |
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| 摘 要： | 从齿肋赤藓转录组数据库出发,共得到39条注释的早期光诱导蛋白Sc ELIPs unigene,其中2条(Sc ELIP1与Sc ELIP2)具有完整ORF。利用多种生物信息学分析工具,对这2条Sc ELIPs序列的同源性、理化性质、保守域、信号肽、疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构、三维结构、活性位点等方面进行分析。结果表明:2条Sc ELIPs序列的ORF全长分别为711 bp和624 bp,分别编码236和207个氨基酸,二者都具有完整的Chloroa_b-bind功能域,定位于叶绿体类囊体膜,含有3个跨膜α螺旋,第1、3螺旋通过Glu和Arg残基形成双重对称结构,且具有至少4个叶绿素结合活性位点。通过对得到的2条Sc ELIPs进行氨基酸序列比对及基因树分析,得出Sc ELIP1与小立碗藓、山墙藓及盐生杜氏藻聚为一支,而Sc ELIP2与高等植物聚为一支,表现出ELIP从低等到高等植物的进化特征。本研究为Sc ELIPs基因后续的克隆和功能研究奠定了基础。
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| 关 键 词： | 早期光诱导蛋白 生物信息学 齿肋赤藓 |
Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis |
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| ZHOU Y,GAO Bei and ZHANG Daoyuan. Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2014, 12(4): 233-241 |
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| Authors: | ZHOU Y GAO Bei ZHANG Daoyuan |
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| Affiliation: | Xinjiang Institute of Ecology and Geography, Chinese Academy of Science, Key Laboratory of Biogeography and Bioresource in Arid Land, Urumqi 830011, China,University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049, China and Xinjiang Institute of Ecology and Geography, Chinese Academy of Science, Key Laboratory of Biogeography and Bioresource in Arid Land, Urumqi 830011, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Early light-induced protein Bioinformatics Syntrichia caninervis |
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