SRFA法构建水稻DNA指纹图谱

RAPD用于生物鉴定具有快速、简便、经济等优点。但是，由于该法所用引物通常为9－10个寡聚核苷酸，与PCR使用特异引物相比，其Tm值相对较低，扩增反应易受外界条件影响，重复性较差。SRFA技术采用设计有限制内切酶位点的人工合成接头与引物互补，弥补了RAPD法的上述不足。Fig.1为SRFA的技术路线。为提高连接效率，在同一试管内，用PstI酶解基因组DNA，并与人工接头连结，制备SRFA扩增的模板。合成与接头序列相应的引物。对5上野生稻品种和籼、粳稻各一个栽培品种SRFA刊物放增。Fig.2表示：每种材料均能获得约10条以得一条（1．3kb）片段，用引物2可得2条（1．1kb、0．7kb）片段。与FAPD法相比，SRFA法增加20％的多态性。栽培稻与野生稻之间在多态性没有差异，说明两乾亲缘关系非常接近。五种野生稻的图谱可分为两类：江西、湖南、广西的与籼稻相近，广东、云南的与粳稻相近。当然，这还有待其它方面的研究来验证。接头的设计要求避免自身连续，与目的的自然连续后不能再被PstI切开。引物包括不变序列和选择序列两部分，前者与接头互补，后者为数个隋机序列。因此，SRFA法除了重复性好以外，还可通过增加（或减少）选择序列的数目扩增较少（或多）的产物片段，满足不同的需要。每一对设计有不同限制酶切位点的接头和引物可扩增出一个特异的DNA指纹图谱，与RAPD法相比，SRFA法操作稍显繁琐，模板DNA用量大、质量要求高，由于酶切和连续，成本也相对较高。