| 基于Illumina RNA Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化 |
| |
| 引用本文： | 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,郭振华.基于Illumina RNA Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化[J].植物分类与资源学报,2012,34(5):487-501. |
| |
| 作者姓名： | 赵磊 Zachary LARSON-RABIN 陈斯云 郭振华 |
| |
| 作者单位： | 中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质资源库，云南 昆明650201 |
| |
| 基金项目： | The National Natural Science Foundation of China(30990244);the Knowledge Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences(KSCX2-YW-N-067);the Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars,State Education Ministry and the Young Academic and Technical Leader Raising Foundation of Yunnan Province(2008PY065);a Chinese Academy of Sciences Young International Scientist Fellowship(awarded to Zachary Larson-Rabin);Yunnan Provincial Government through an innovation team program |
| |
| 摘 要： | 利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA Seq短序列数据，比较了8个 (ABySS, Velvet, SOAPdenovo, Oases, Trinity, Multiple k, T IDBA and Trans ABySS) 转录组从头组装软件。结果显示，在基于单一k mer和多重k mer方法的两类软件中，Trinity和Trans ABySS分别表现出最好的组装性能，而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k mer比单一k mer可以组装获得更多的总碱基数目，但是即使利用最好的多重k mer组装软件，所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此，我们提出了“ETM”优化方法，将多重k mer方法组合到Trinity中，使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k mer的优势，测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据，对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。
|
| 关 键 词： | 高通量 二代测序 转录组 从头组装 优化 |
| 收稿时间： | 2012-06-01 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《植物分类与资源学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《植物分类与资源学报》下载免费的PDF全文 |
