| 相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究 |
| |
| 引用本文： | 赵辉,李启寨,李俊,曾长青,胡松年,于军.相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究[J].中国科学C辑,2006,36(1):1-8. |
| |
| 作者姓名： | 赵辉 李启寨 李俊 曾长青 胡松年 于军 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300;中国科学院研究生院,北京,100039
2. 中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300;中国科学院数学与系统科学研究院,北京,100080;中国科学院研究生院,北京,100039
3. 中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300 |
| |
| 基金项目： | 国家科技攻关项目;国家自然科学基金;国家科技专项基金 |
| |
| 摘 要： | 碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一. 近年的研究表明: 基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关. 以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象, 研究突变位点周围的碱基A&;T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性, 结果表明: 水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&;T碱基的个数负相关. 统计了6种SNP的AT2 (直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0 (直接相邻碱基是C或G的个数), 发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大, 说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&;T碱基的影响最大. 在水稻全基因组SNPs中, A&;T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内. 拟南芥A&;T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.
|
| 关 键 词： | 单碱基多态性 替换 替换偏差 转换 颠换 点突变 |
| 收稿时间： | 2005-08-24 |
| 修稿时间： | 2005年8月24日 |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中国科学C辑》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国科学C辑》下载免费的PDF全文 |
|
