| RNA-Seq揭示Foc4在外源氧化胁迫(H_2O_2)下的基因表达及细胞代谢变化 |
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| 引用本文： | 齐兴柱,刘磊,汪军. RNA-Seq揭示Foc4在外源氧化胁迫(H_2O_2)下的基因表达及细胞代谢变化[J]. 微生物学报, 2019, 59(5): 891-906 |
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| 作者姓名： | 齐兴柱 刘磊 汪军 |
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| 作者单位： | 海南大学热带生物资源教育部重点实验室, 海南 海口 570228;海南大学海洋学院, 海南 海口 570228,中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海南 海口 571101,中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海南 海口 571101 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31560491）；海南大学博士科研启动基金（kyqd5143） |
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| 摘 要： | 尖孢镰刀菌古巴专化型4号小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4,Foc4)是香蕉枯萎病的强致病性病原菌。Foc4在侵染香蕉植株早期必须面对寄主的活性氧迸发。【目的】了解Foc4应对外源氧化胁迫的分子机制。【方法】利用Illumina 2500 RNA-Seq测序平台分析了经外源氧化胁迫(H_2O_2)处理的Foc4与对照在转录组水平的基因表达差异。【结果】在外源氧化胁迫条件下,Foc4的生长受到抑制。转录组测序获得了超过2千万条clean reads。进一步的差异基因表达分析以差异倍数FC (fold change)≥2且FDA值≤0.001为选择标准,发现496个基因表达上调,298个基因表达下调。GO功能富集分析显示,429个基因比对到GO功能分析数据库,在这些差异表达基因中,许多与代谢过程、生物调节、细胞过程和刺激应答有关。KEGG通路富集分析显示,有141个表达差异显著基因比对到KEGG中的50条代谢途径。其中,主要是各类氨基酸代谢途径、脂肪酸代谢途径。同时也包括与抗氧化胁迫直接相关的代谢途径,包括DNA的损伤修复、类胡萝卜素的生物合成、过氧化物酶体、谷胱甘肽代谢等。【结论】这些结果暗示,为了在强氧化胁迫环境下生存,Foc4细胞从包括直接应对氧化胁迫的信号调控途径在内的物质代谢和能量代谢均发生改变以应对环境变化的胁迫。
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| 关 键 词： | 尖孢镰刀菌古巴转化型4号小种 氧化胁迫 差异表达基因 细胞代谢 |
| 收稿时间： | 2018-08-02 |
| 修稿时间： | 2018-09-17 |
RNA-Seq reveals changes of gene expression and cellular metabolism caused by exogenous oxidative stress (H2O2) in Foc4 |
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| Xingzhu Qi,Lei Liu and Jun Wang. RNA-Seq reveals changes of gene expression and cellular metabolism caused by exogenous oxidative stress (H2O2) in Foc4[J]. Acta microbiologica Sinica, 2019, 59(5): 891-906 |
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| Authors: | Xingzhu Qi Lei Liu Jun Wang |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Tropic Biological Resources of Ministry of Education, Hainan University, Haikou 570228, Hainan Province, China;College of Ocean, Hainan University, Haikou 570228, Hainan Province, China,Institute of Environment and Plant Protection, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, Hainan Province, China and Institute of Environment and Plant Protection, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou 571101, Hainan Province, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4 oxidative stress differential expression genes cellular metabolism |
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