| 基于差异基因表达谱的Microbacterium sp. XT11降解黄原胶潜能挖掘 |
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| 引用本文： | 袁悦,王雪妍,李宪臻,杨帆. 基于差异基因表达谱的Microbacterium sp. XT11降解黄原胶潜能挖掘[J]. 微生物学杂志, 2023, 0(1): 20-31 |
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| 作者姓名： | 袁悦 王雪妍 李宪臻 杨帆 |
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| 作者单位： | 大连工业大学 生物工程学院，辽宁 大连 116034 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31671796）；国家自然科学基金项目（32072160）；辽宁省教育厅科学技术研究项目（J2020041）；辽宁省教育厅科学技术研究项目（2016J002） |
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| 摘 要： | 为挖掘微杆菌(Microbacterium sp.)XT11在黄原胶降解过程中起关键作用的功能基因，预测黄原胶降解通路，利用转录组测序技术对该菌株在不同碳源培养条件下的转录本进行测序，对差异基因进行功能富集分析。结果表明，菌株XT11以葡萄糖为对照组，以黄原胶为碳源时可获得上调差异基因213个。显著上调的基因主要富集在聚糖降解、淀粉和蔗糖代谢途径、ABC转运、苯丙氨酸代谢、丙酮酸代谢五个KEGG途径。碳水化合物活性酶(Carbohydrate-active enzymes, CAZymes)功能注释表明，位于同一基因簇上的4个CAZymes基因和黄原胶降解直接相关，其余的CAZymes基因具有潜在的黄原胶降解活性。此外，预测到磷酸转移酶系统(phosphotransferase system, PTS)和ABC转运途径(ABC transporters)参与了胞外黄原胶降解中间产物的跨膜转运。挖掘了菌株XT11中黄原胶降解过程中的功能基因，并阐述了菌株XT11的黄原胶降解通路。
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| 关 键 词： | Microbacterium sp. XT11 黄原胶降解 转录组 差异表达基因 富集分析 |
Excavation of Xanthan Degradable Potential of Microbacterium sp. XT11 Based on Differential Gene Expression Spectrum |
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| YUAN Yue,WANG Xue-yan,LI Xian-zhen,YANG Fan. Excavation of Xanthan Degradable Potential of Microbacterium sp. XT11 Based on Differential Gene Expression Spectrum[J]. Journal of Microbiology, 2023, 0(1): 20-31 |
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| Authors: | YUAN Yue WANG Xue-yan LI Xian-zhen YANG Fan |
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| Affiliation: | Schl. of Bio-Engin., Dalian Polytech. Uni., Dalian 116034 |
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