| Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用 |
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| 引用本文： | 刘蓉,王月兰,朱小蓬,凌伦奖,韩汝珊.Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用[J].生物化学与生物物理进展,2002,29(5):760-765. |
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| 作者姓名： | 刘蓉 王月兰 朱小蓬 凌伦奖 韩汝珊 |
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| 作者单位： | 1. 北京大学物理系,北京,100871
2. 中国科学院生物物理研究所,北京,100101 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(39890070, 19890380, 39993420)，中国科学院创新工程项目(KSCX2-2-07，KJCX1-08)和北京市科委特别资助项目. |
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| 摘 要： | 利用全基因组信息构建系统发育树.基于COGs类，对每一个基因组的每一个基因，都用一个17维的向量来描述其编码蛋白隶属于17个COGs类的程度；而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合.接着，利用Fisher线性判别函数，寻找一组最优化的权重因子；在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换.使得经Fisher线性变换后17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映.最后，用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离.使用这种方法，分别用38个和43个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论.该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题，并能减少基因横向迁移对基因组间距离的扭曲.
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| 关 键 词： | 基因组分，遗传距离，COGs，Fisher线性判别函数 |
| 收稿时间： | 3/6/2002 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2002年3月6日 |
The Application of Fisher Linear Discriminant to Distance Between Genomes Which Based on COGs |
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| LIU Rong,WANG Yue-Lan,ZHU Xiao-Peng,LING Lun-Jiang and HAN Ru-Shan.The Application of Fisher Linear Discriminant to Distance Between Genomes Which Based on COGs[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2002,29(5):760-765. |
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| Authors: | LIU Rong WANG Yue-Lan ZHU Xiao-Peng LING Lun-Jiang and HAN Ru-Shan |
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| Institution: | Department of Physics, Peking University, Beijing 100871, China;Institute of Biophysics, The Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101, China;Institute of Biophysics, The Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101, China;Institute of Biophysics, The Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101, China;Department of Physics, Peking University, Beijing 100871, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | gene composition phylogenetic distance COGs Fisher linear discriminant |
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