酵母基因组组蛋白修饰之间相关性的研究 |
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引用本文: | 陈攀峰,丰继华,单增辉,魏恨恨,胡焕.酵母基因组组蛋白修饰之间相关性的研究[J].基因组学与应用生物学,2015(1):185-189. |
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作者姓名: | 陈攀峰 丰继华 单增辉 魏恨恨 胡焕 |
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作者单位: | 云南民族大学电气信息工程学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(31160234);云南省应用基础研究计划项目(2011FB082);云南省高校重点实验室开放基金(MWK201104)共同资助 |
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摘 要: | 我们在对染色质修饰作用进行研究的过程中,发现以往的研究只关注化学修饰间的线性关系,而对于非线性关系未充分重视。为此,我们对Pokholok等(2005)人测出的酵母组蛋白甲基化修饰与乙酰化修饰数据进行了插值处理,得到了16种全基因组组蛋白修饰数据。然后对每组修饰数据在TSS位点上、下游各取1 000 bp进行对齐、平均、平滑和归一化处理。我们发现,根据酵母基因转录水平数据,可将组蛋白修饰数据分为两大类:一类是转录增强修饰群体,一类是转录抑制或转录无关修饰群体。为了揭示不同转录活性基因上修饰间的复杂关系,我们分别利用Pearson相关分析法和Reshef等(2011)人提出的MINE算法得到了以上修饰之间的相关性。最后对该结果进行分析,得到了修饰之间的一些非线性关系,同时发现同群体间修饰的关联性更强。
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关 键 词: | 组蛋白修饰 Pearson相关分析法 MINE算法 |
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