苹果叶绿体基因组特征分析

苹果（Malus×domestica）是最重要的温带水果之一。为了能更好的了解本种的分子生物学基础．对已发布的苹果叶绿体全基因组序列进行了结构特征分析。结果显示苹果的叶绿体基因组全长为160068bp，具有典型的被子植物叶绿体基因组的环状四分体结构，包含大单拷贝区（LSC），小单拷贝区（SSC）和两个反向互补重复区（IRs），长度分别为88184bp，19180bp和26352bp。基因组共有135个基因（20个基因分布在反向互补重复区，因此整个基因组包含115个不同的基因）。按照功能进行分类，这115个基因包括81个蛋白质编码基因，4个rRNA编码基因和30个tRNA基因。其中，ycf15．ycf68和infA三个基因包含多个终止密码子，推测可能为假基因。苹果的基因组结构．基因顺序．GC含量和密码子使用偏好均与典型的被子植物叶绿体基因组类似。在苹果的叶绿体基因组中，共检测到30个大于30bp的重复序列，其中包括21串联重复，6个正向重复和3个反向重复序列；并检测到237个简单重复序列（SSR）位点，大部分的SSR位点都偏向于A或者T组成。此外，每10000bp非编码区平均分布有24个SSR位点，而编码区平均有5个SSR位点，表明SSRs在叶绿体基因组上的分布是不均匀的。本文对苹果叶绿体基因组序列特征的报道，将有助于促进该种的居群遗传学、系统发育和叶绿体基因工程的研究。