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| 真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文） | |
| 作者单位： | ;1.福建农林大学菌物研究中心;2.福建农林大学生命科学学院;3.福建农林大学园艺学院 |
| 摘 要： | 可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。 |
| 关 键 词： | 3’端可变剪接 5’端可变剪接 内含子保留 外显子互斥 RNA-seq数据 生物信息学方法 reads定位 |
A novel visual method for fungal gene alternative splicing analysis: expanded application of ZOOM software |
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