|
|||||
|
|
| 云芝全基因组SSR位点分布及比较分析 | |
| 作者单位： | ;1.南京大学生命科学学院;2.环境保护部南京环境科学研究所国家环境保护生物安全重点实验室;3.洛阳师范学院生命科学学院;4.中国药科大学工学院 |
| 摘 要： | 本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息,对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释,与其他5种伞菌纲真菌(双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌)基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点,相对丰度为27个/Mb,三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR,仅次于基因间区,但是在非编译区、基因间区和内含子中SSR分布更加频繁。通过与nr数据库比对,485个含SSR的基因获得注释,其中115个基因通过GO注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中,108个基因通过KEGG注释到新陈代谢、遗传信息处理、细胞过程和环境信息处理4类中。设计58对引物主要用于物种鉴定,另外23对引物主要用于活性物质代谢研究和辅助育种。与其他伞菌纲真菌相比,云芝所含SSR的数量及相对丰度较低,并证明SSR数量与基因组大小无关,而某些特定的重复类型与GC含量有关。本研究为云芝的种群遗传学及进化研究奠定了理论基础。 |
| 关 键 词： | 微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲 |
Genome-wide distributional and comparative analysis of SSR loci in Trametes versicolor |
|
| Abstract: | |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ | |
| 点击此处可从《菌物学报》浏览原始摘要信息 | |
| 点击此处可从《菌物学报》下载免费的PDF全文 | |