基于高通量测序的发芽苦荞转录组学研究北大核心CSCD |
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引用本文: | 陈春旭,李琦,郭元新,杜传来,丁志刚.基于高通量测序的发芽苦荞转录组学研究北大核心CSCD[J].生物技术通报,2016(7):40-47. |
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作者姓名: | 陈春旭 李琦 郭元新 杜传来 丁志刚 |
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作者单位: | 1.安徽科技学院食品药品学院233100;2.深圳市坪山新区环境监测站518118; |
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基金项目: | 安徽省自然科学基金项目(1308085MC32);安徽科技学院农产品加工及贮藏工程重点学科项目(AKZDXK2015B04) |
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摘 要: | 采用新一代高通量测序技术Illumina Solexa Hiseq 2500对发芽荞麦转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了42 953 962个序列读取片段(reads),包含了5.37 Gb碱基序列信息。对reads进行序列组装,获得45 278个单基因簇(unigenes),平均长度862 bp,序列信息达到了39 Mb。另外,从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,2 127个unigenes与其他生物的己知基因具有不同程度的同源性。发芽苦荞转录组中的unigenes与细胞进程、细胞和蛋白结合相关。将unigenes与KOG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。以KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigenes定位到328个代谢途径分支,包括核糖体代谢通路、碳水化合物代谢等,并且筛选出38条参与GABA合成的氧化磷酸化代谢的unigenes。SSR位点查找发现,从71 366个unigenes中共找到7 141个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是AAG/CTT和AT/AT。
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关 键 词: | 发芽苦荞 Illumina 转录组 高通量测序 |
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