| 细菌生物被膜核心胞外多糖靶向水解酶的生物信息挖掘 |
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| 引用本文： | 田翠芳,吴倩,惠潇然,潘迎捷,赵勇,张昭寰.细菌生物被膜核心胞外多糖靶向水解酶的生物信息挖掘[J].微生物学报,2023,63(7):2633-2655. |
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| 作者姓名： | 田翠芳 吴倩 惠潇然 潘迎捷 赵勇 张昭寰 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学食品学院, 上海 201306;上海海洋大学食品学院, 上海 201306;农业农村部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室(上海), 上海 201306;上海水产品加工及贮藏工程技术研究中心, 上海 201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(32001800)；上海市优秀学术带头人计划(21XD1401200) |
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| 摘 要： | 【目的】胞外多糖是生物被膜不可或缺的重要成分,在细菌致病和耐药过程中发挥着重要作用。运用酶制剂针对生物被膜的核心胞外多糖进行靶向清除,能够从根本上破坏细菌生物被膜的核心骨架,有助于战胜细菌生物被膜导致的危害。【方法】本研究针对常见致病菌生物被膜核心胞外多糖Pel、Psl、褐藻胶、N-乙酰氨基葡萄糖(Poly-β(1,6)-N-acetyl-D-glucosamine,PNAG)和纤维素,基于NCBI数据库中丰富的基因序列信息,筛选靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶,进一步运用phyre2、SWISS-MODEL等生物信息工具,分析了这些水解酶的理化性质、遗传进化、功能域及三维结构。【结果】筛选获得了153个靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶及其序列信息。其中,靶向Pel胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶114家族(glycoside-hydrolase family GH114);靶向Psl胞外多糖的水解酶共25个,属于糖苷水解酶超家族(glyco_hydro super family);靶向褐藻胶胞外多糖的水解酶共33个,属于褐藻胶裂解酶超家族(Alg Lyase superfamily);靶向PNAG胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶13家族(glycoside-hydrolase family GH13);靶向纤维素胞外多糖的水解酶共35个,属于糖苷水解酶8家族(glycosyl hydrolases family GH8)。【结论】这些水解酶菌具备靶向瓦解生物被膜核心胞外多糖的潜力,亟待进一步开发与应用。本研究提供了迄今为止最为全面的生物被膜核心胞外多糖水解酶序列组成及生物信息,为生物被膜的精准预防和靶向控制奠定扎实的数据基础。
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| 关 键 词： | 水解酶 生物被膜 胞外多糖 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2022/10/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/12/4 0:00:00 |
Bioinformatics data mining of hydrolases targeting core extracellular polysaccharides in bacterial biofilm |
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| TIAN Cuifang,WU Qian,HUI Xiaoran,PAN Yingjie,ZHAO Yong,ZHANG Zhaohuan.Bioinformatics data mining of hydrolases targeting core extracellular polysaccharides in bacterial biofilm[J].Acta Microbiologica Sinica,2023,63(7):2633-2655. |
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| Authors: | TIAN Cuifang WU Qian HUI Xiaoran PAN Yingjie ZHAO Yong ZHANG Zhaohuan |
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| Institution: | College of Food Sciences and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;College of Food Sciences and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Laboratory of Quality & Safety Risk Assessment for Aquatic Product on Storage and Preservation(Shanghai), Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Shanghai 201306, China;Shanghai Engineering Research Centre of Aquatic-Product Processing & Preservation, Shanghai 201306, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | hydrolase biofilm extracellular polysaccharide bioinformatics analysis |
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