| 基于全基因组关联分析研究粪肠球菌发酵食品分离株的耐药性 |
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| 引用本文： | 孙雅如,李伟程,余中节,王旭,李敏,王佼,张和平,钟智. 基于全基因组关联分析研究粪肠球菌发酵食品分离株的耐药性[J]. 微生物学报, 2019, 59(1): 113-122 |
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| 作者姓名： | 孙雅如 李伟程 余中节 王旭 李敏 王佼 张和平 钟智 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018,内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室, 农业农村部奶制品加工重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010018 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31601451，31622043） |
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| 摘 要： | 【目的】研究15株分离自自然发酵食品的粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和1株粪肠球菌模式株对15种(1种β-内酰胺类和14种非β-内酰胺类)抗生素的耐药性,并通过菌株耐药表型与基因型的关联分析找到粪肠球菌潜在的耐药基因。【方法】利用微量肉汤稀释法检测试验菌株对15种抗生素的耐药性,运用Scoary软件进行表型与基因型的关联分析。【结果】16株粪肠球菌对卡那霉素、万古霉素、利奈唑胺和红霉素100%敏感;对其余11种抗生素均表现出不同程度的耐药,其中对克林霉素为100%耐药。基因组关联分析发现了9个功能基因与5种抗生素(氯霉素、环丙沙星、甲氧苄啶、新霉素和四环素)存在显著相关关系,其中基因FAM000296和FAM005768与氯霉素、甲氧苄啶和环丙沙星的耐药性有关。进一步分析发现基因FAM000296和FAM005768同被注释为Sec G,但基因FAM005768与基因FAM000296相比在3′端丢失了21个碱基。【结论】分离自自然发酵食品的粪肠球菌对多种抗生素具有耐药性,其基因组中携带有潜在的耐药基因。因此,对分离自自然发酵食品的粪肠球菌需要进行全面的安全性评估后方可考虑应用。
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| 关 键 词： | 粪肠球菌 抗生素耐药性 关联分析 发酵食品 |
| 收稿时间： | 2018-02-12 |
| 修稿时间： | 2018-06-19 |
Genome-wide association study on the antibiotic resistance of Enterococcus faecalis isolated from natural fermented food |
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| Yaru Sun,Weicheng Li,Zhongjie Yu,Xu Wang,Min Li,Jiao Wang,Heping Zhang and Zhi Zhong. Genome-wide association study on the antibiotic resistance of Enterococcus faecalis isolated from natural fermented food[J]. Acta microbiologica Sinica, 2019, 59(1): 113-122 |
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| Authors: | Yaru Sun Weicheng Li Zhongjie Yu Xu Wang Min Li Jiao Wang Heping Zhang Zhi Zhong |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China,Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China and Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia Autonomous Region, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Enterococcus faecalis antibiotics resistance genome-wide association study fermented food |
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