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| 时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究 | |
| 引用本文： | 姜伟,李霞,郭政,李传星,王丽虹,饶绍奇.时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究[J].中国科学C辑,2005,35(6):565-573. |
| 作者姓名： | 姜伟 李霞 郭政 李传星 王丽虹 饶绍奇 |
| 作者单位： | 1. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086;哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨,150001 2. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086;哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨,150001;同济大学生命科学与技术学院,上海,200092;首都医科大学生物医学工程学院,北京,100054 3. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086;哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨,150001;同济大学生命科学与技术学院,上海,200092 4. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086 5. 哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨,150086;Departments of Cardiovascular Medicine and Molecular Cardiology, Cleveland Clinic Foundation, Cleveland, Ohio 44195, USA |
| 基金项目： | “863”计划(批准号：2003AA2Z2051)，国家自然科学基金(批准号：30170515，30370798，30571034 & 30570424)，黑龙江科技攻关(批准号：GB03C602-4)，黑龙江自然科学基金(批准号：F0177，1055HG009)，哈尔滨医科大学211工程“十五”建设项目资助 |
| 摘 要： | 基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一. 针对基因间转录调控的时间延迟性, 提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法: 多点延迟调控网络算法, 简称TdGRN (time-delayed gene regulatory networking). 该方法根据时间序列基因表达谱数据, 构建时间延迟基因表达矩阵, 利用有监督决策树分类器方法和随机重排技术挖掘基因之间的时间延迟调控关系, 从而构建时间延迟的基因调控网络. 该方法是一种不依赖模型的基因网络重建方法, 相对于目前采用的基于模型的网络重建方法有显著优势, 可直接利用连续的基因表达谱数据发现延迟任一时间单位差的基因表达调控关系, 并避免了目前一些研究方法中需要人为设定基因的最大调控子数目(k)的问题. 将该方法应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据, 并构建时间延迟的基因调控网络, 结果发现多数时间延迟调控关系获得了已有知识的支持. |
| 关 键 词： | 时间延迟 决策树分类器 基因调控网络 |
| 收稿时间： | 2005-01-10 |
| 修稿时间： | 2005年8月26日 |
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