| RNA-Seq本地分析平台的构建 |
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| 引用本文： | 李江域,陈胜,王小磊,赵东升,王玉民. RNA-Seq本地分析平台的构建[J]. 生物技术通讯, 2015, 0(2): 211-214 |
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| 作者姓名： | 李江域 陈胜 王小磊 赵东升 王玉民 |
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| 作者单位： | 军事医学科学院生物工程研究所;军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所 |
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| 基金项目： | 全军医学科技青年培育项目(13QNP142) |
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| 摘 要： | 目的:构建一个本地化的RNA-Seq数据处理分析平台,为RNA-Seq研究人员提供数据分析平台。方法:在调研现有的RNA-Seq数据分析研究成果的基础上,构建一套本地化的RNA-Seq分析平台,平台首先将测序数据中的低质量数据进行过滤,然后使用Top Hat将过滤后的数据与参考基因组数据进行比对,利用比对结果进行可变剪切分析、基因差异表达分析等,最后通过R语言工具包对分析结果进行可视化绘图。结果:通过对2组小鼠的RNA-Seq测序数据进行分析,构建的分析平台能够较好地过滤低质量测序数据,并且分析出2组数据间的差异表达基因,同时还可以图形化表示这些差异表达基因。结论:分析平台能够实现对RNA-Seq测序数据的质量控制、差异表达分析及分析结果的可视化。
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| 关 键 词： | RNA-Seq 高通量测序 生物信息学 分析平台 |
Construction of localized RNA-Seq Analysis Platform |
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| LI Jiang-Yu;CHEN Sheng;WANG Xiao-Lei;ZHAO Dong-Sheng;WANG Yu-Min. Construction of localized RNA-Seq Analysis Platform[J]. Letters in Biotechnology, 2015, 0(2): 211-214 |
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| Authors: | LI Jiang-Yu CHEN Sheng WANG Xiao-Lei ZHAO Dong-Sheng WANG Yu-Min |
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| Affiliation: | LI Jiang-Yu;CHEN Sheng;WANG Xiao-Lei;ZHAO Dong-Sheng;WANG Yu-Min;Beijing Institute of Biotechnology;Beijing Institute of Health Service and Medical Information; |
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