| 一类蛋白质相互作用网络比对的线性规划算法 |
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| 引用本文： | 李军,杨家亮,李防震,胡匡祜,董骝焕,Stefan Grünewald.一类蛋白质相互作用网络比对的线性规划算法[J].生物物理学报,2010,26(1):73-79. |
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| 作者姓名： | 李军 杨家亮 李防震 胡匡祜 董骝焕 Stefan Grünewald |
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| 作者单位： | 1. 中科院-马普计算生物学伙伴研究所2. 中国科学院生物物理研究所3. 中科院上海生科院计算生物学研究所 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973)项目);国家重点基础研究发展计划(973)项目);国家重点基础研究发展计划(973)项目) |
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| 摘 要： | 随着越来越多的蛋白质相互作用数据被公布，网络比对在预测蛋白质的新功能和推测蛋白质网络进化历史上发挥着越来越重要的作用。但是，目前主要的网络比对方法要么忽略蛋白质的同源信息或蛋白质网络的结构信息，要么采用启发式算法。文章作者通过将网络比对转化为线性规划问题给出了一个精确的网络比对算法，并且针对水痘病毒和卡波济(氏)肉瘤病毒的蛋白质相互作用数据进行了比对分析。
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| 关 键 词： | 蛋白质相互作用网络 网络比对 线性规划 |
| 收稿时间： | 2009-10-19 |
| 修稿时间： | 2009-12-23 |
Pairwise Alignment of Protein-Protein Interaction by Linear Programming |
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| Abstract: | The increasing availability of protein-protein interaction data makes network alignment more and more important in predicting new functions of proteins and inferring the evolutionary history of protein interaction networks. However, most present methods either ignore the node or structure information, or adopt heuristics. The authors present an exact network alignment algorithm by transforming network comparison into a linear programming problem. A powerful mathematical programming optimizer ILOG CPLEX is used to solve the linear programming problem. |
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| Keywords: | protein-protein interaction network network alignment linear programming |
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