| 毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探 |
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| 引用本文： | 李冰玉,邓优锦,黄蓉梅,赵琛,文志华,徐伟南,谢宝贵.毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探[J].菌物学报,2019,38(12):2214-2220. |
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| 作者姓名： | 李冰玉 邓优锦 黄蓉梅 赵琛 文志华 徐伟南 谢宝贵 |
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| 作者单位： | 福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002;福建农林大学菌物研究中心 福建福州350002 |
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| 基金项目： | 国家现代食用菌产业技术体系(CARS20) |
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| 摘 要： | rDNA序列中的ITS作为DNA barcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列。比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1 790bp、156bp、156bp、206bp、3 432bp、2 247bp、121bp和2 135bp,总长度10 641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果。与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1 400-2 200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究。
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| 关 键 词： | 三代测序 转录组 基因间隔区 品种鉴别 |
| 收稿时间： | 2019-08-21 |
Analyses of rDNA structure and preliminary evaluation of strains of Auricularia cornea based on IGS sequence |
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| Authors: | Bing-Yu LI You-Jin DENG Rong‐Mei HUANG Chen ZHAO Zhi-Hua WEN Wei‐Nan XU Bao‐Gui XIE |
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| Institution: | Mycological Research Center, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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