单细胞转录组数据批次效应评测的研究进展 |
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引用本文: | 李小刚,高正,陈佳锋,冯山入,傅修涛,丁振斌.单细胞转录组数据批次效应评测的研究进展[J].生物信息学,2023,21(3):155-160. |
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作者姓名: | 李小刚 高正 陈佳锋 冯山入 傅修涛 丁振斌 |
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作者单位: | 复旦大学附属中山医院 肝脏外科与移植外科,复旦大学肝癌研究所,上海 200032 ;教育部癌变与侵袭原理重点实验室,上海 200032;复旦大学附属中山医院 肝脏外科与移植外科,复旦大学肝癌研究所,上海 200032 ;教育部癌变与侵袭原理重点实验室,上海 200032;上海市徐汇区中心医院,复旦大学附属中山徐汇医院,上海 200032 |
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摘 要: | 单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,ScRNA seq)是一种变革性的生物技术,以前所未有的高分辨率来解析组织复杂性,解决了普通转录组测序(Bulk RNA sequencing)无法回答的问题。但单细胞数据的高通量及复杂性给分析带来极大难度,批次效应(Batch effects,BEs)的处理便是主要挑战之一。批次效应是高通量生物数据分析中的技术性偏倚,其来源及处理具有高复杂性和研究依赖性。根据组织类型、测序技术及实验设计的不同,测序数据需采用不同的评估、分析、测量及处置流程来实现有效的批次效应处理。评测批次效应在单细胞数据分析中极易被忽略,但却有助于判断批次效应的来源、对数据变异的解释度、对数据分析结果的影响度及处理方法,是有效处理批次效应的基础。因此,本篇综述聚焦单细胞转录组数据的批次效应,分别论述批次效应的概念、与普通转录组批次效应的区别、评测方法及面临的挑战,并对未来发展做出展望。
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关 键 词: | 单细胞测序 批次效应 评测 未来展望 |
收稿时间: | 2022/9/2 0:00:00 |
修稿时间: | 2022/11/9 0:00:00 |
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