| 翻译速率与蛋白质二级结构的关系 |
| |
| 引用本文： | 李晓琴 罗辽复 等. 翻译速率与蛋白质二级结构的关系[J]. Acta biochimica et biophysica Sinica, 2003, 35(2): 193-196 |
| |
| 作者姓名： | 李晓琴 罗辽复 等 |
| |
| 作者单位： | 中国科学院昆明动物所，中国科学院昆明动物所，内蒙古大学物理系 昆明650223，内蒙古大学物理系，呼和浩特010021，昆明650223，内蒙古大学物理系，呼和浩特010021，呼和浩特010021 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金重大项目 (No.90 10 30 30 )，昆明动物所细胞与分子进化开放实验室课题基金资助。~~ |
| |
| 摘 要： | 统计分析了人的 119种蛋白质和大肠杆菌的 92种蛋白质密码子翻译速率和蛋白质二级结构的关系。据m 密码子片段在不同二级结构中的频数分布 ,我们发现人和大肠杆菌中翻译速率与蛋白质二级结构之间有一定关系 :高翻译速率时倾向编码α螺旋、不倾向编码线团 (coil) ;低翻译速率时倾向编码线团、不倾向编码α螺旋 ;β折叠结构则随翻译速率表现出明显的振荡。同时 ,密码子的使用在不同片段内一般也是不均匀的 :在α螺旋片段内 ,结构尾部偏向使用高翻译速率密码子 ;中部倾向使用中翻译速率密码子 ;而头部使用的密码子翻译速率偏低。这样的倾向性不大可能归结为随机起伏的影响。
|
| 关 键 词： | mRNA序列 蛋白质二级结构 翻译速率 |
The Relation between Translation Speed and Protein Secondary Structure |
| |
| LI Xiao-Qin ,,LUO Liao-Fu ,,LIU Ci-Quan. The Relation between Translation Speed and Protein Secondary Structure[J]. Acta biochimica et biophysica Sinica, 2003, 35(2): 193-196 |
| |
| Authors: | LI Xiao-Qin LUO Liao-Fu LIU Ci-Quan |
| |
| Affiliation: | LI Xiao-Qin 1,2,LUO Liao-Fu 1,2*,LIU Ci-Quan 1* |
| |
| Abstract: | Based on the statistical analysis of 119 human and 92 E.coli proteins it was found that for both human and E.coli, the mRNA sequences consisting of tri-codon and tetra-codon with high translation speed preferably code for alpha helices more than for coils. For beta strand, the preference/avoidance oscillates with the translation speed. Moreover, the non-homogeneous usages of tri-codon and tetra-codon with different translation speeds in a given secondary structure have also been found. These results cannot be simply explained by the effect of stochastic fluctuation. |
| |
| Keywords: | mRNA sequence protein secondary structure translation speed |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
