| 基于“天河二号”的水产病原生物信息分析平台构建及其在水产病原分析中的应用 |
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| 引用本文： | 方翔,李宁求,付小哲,李凯彬,林强,刘礼辉,石存斌,吴淑勤.基于“天河二号”的水产病原生物信息分析平台构建及其在水产病原分析中的应用[J].遗传,2015,37(7):702-710. |
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| 作者姓名： | 方翔 李宁求 付小哲 李凯彬 林强 刘礼辉 石存斌 吴淑勤 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫技术重点实验室,广州 510380 |
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| 基金项目： | 广州市珠江科技新星专项(编号: 2012J2200078)和中国水产科学研究院院级中央级公益性科研院所基本科研业务费(编号: 2013A0609)资助 |
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| 摘 要： | 作为生命科学的关键组成,生物信息学已被广泛地应用于基因组学、转录组学和蛋白质组学中。然而,生物信息分析平台的构建需要高性能计算机而非普通的个人电脑,从而极大地限制了生物信息学在水产科学中的应用。本研究基于“天河二号”超级计算机,构建了水产病原生物信息分析平台。该平台由基因组与转录组测序数据分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟3个功能模块组成。为了验证该平台的实用性,以水生动物病原微生物为例进行了生物信息学分析。通过Blast检索、GO和InterPro注释,鉴定了约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)M168株的功能基因并对其进行了注释。通过同源模建,构建了草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08的5个小节段的蛋白结构模型。对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)外膜蛋白A进行了分子动力学模拟,并观察了平衡过程中系统温度、总能量、均方根偏差和环区构象的变化。以上结果均显示本研究成功建立了在“天河二号”超级计算机上运行的水产病原生物信息分析平台。此项研究将为其他学科生物信息分析平台的构建提供思路和线索。
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| 关 键 词： | 生物信息学 天河二号 水产病原 |
| 收稿时间： | 2015-01-16 |
Construction and application of bioinformatic analysis platform for aquatic pathogen based on the MilkyWay-2 supercomputer |
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| Institution: | Key Laboratory of Aquatic Animal Immune Technology of Guangdong Province,Key Laboratory of Fishery Drug Development of Ministry of Agriculture, Pearl River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510380, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bioinformatics MilkyWay-2 aquatic pathogen |
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