| miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制 |
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| 引用本文： | 王冬,李永君,丁楠,王均云,杨琼,杨雅冉,李艳明,方向东,赵华. miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制[J]. 遗传, 2015, 37(7): 673-682. DOI: 10.16288/j.yczz.15-022 |
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| 作者姓名： | 王冬 李永君 丁楠 王均云 杨琼 杨雅冉 李艳明 方向东 赵华 |
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| 作者单位： | 1. 中国人民解放军总医院皮肤科,北京 100853; 2. 中国科学院北京基因组研究所,中国科学院基因组科学与信息重点实验室,北京 100101; 3. 中国科学院大学,北京 100049; 4. 解放军第309医院,北京 100091 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(编号：31471236)和国家高技术研究发展计划项目(863计划)(编号：2012AA022502)资助 |
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| 摘 要： | 黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性。上皮-间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色。miRNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响。本文整合黑色素瘤细胞系转录组和miRNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从miRNA组数据中筛选出与之负相关的11个miRNA,包括miR-130a-3p、miR-130b-3p、miR-125a-5p、miR-30a-3p、miR-195-5p、miR-345-5p、miR-509-3-5p、miR-374a-5p、miR-509-5p、miR-148a-3p和miR-330-3p。经过生物信息学分析miRNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路。对11个miRNA进行分子生物学验证,发现miR-195-5p、miR-130a-3p、miR-509-5p和miR-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的miRNA。本研究运用mRNA和miRNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关miRNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用。
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| 关 键 词： | 黑素色瘤 转录组 miRNA组 上皮-间充质细胞转化 |
| 收稿时间： | 2015-01-18 |
Molecular networks and mechanisms of epithelial-mesenchymal transition regulated by miRNAs in the malignant melanoma cell line |
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| Affiliation: | 1. Department of Dermatology, General Hospital of People's Liberation Army, Beijing 100853, China; 2. CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China; 3. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China; 4. The 309th Hospital of China People’s Liberation Army, Beijing 100091, China |
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