| 普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析 |
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| 引用本文： | 孙亭亭,龚达平,张磊,陈雅琼,赵维,向小华,孙玉合. 普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析[J]. 植物遗传资源学报, 2016, 17(2): 316-325. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.02.017 |
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| 作者姓名： | 孙亭亭 龚达平 张磊 陈雅琼 赵维 向小华 孙玉合 |
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| 作者单位： | 1. 中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室,青岛,266101;2. 华中农业大学园艺林学学院,武汉,430070 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划("863"计划)项目(2012AA021801) |
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| 摘 要： | LBD是一类具有LOB(lateral organ boundaries)结构域的基因家族,在植物发育过程中起到非常重要的作用。采用生物信息学方法,根据拟南芥LBD基因序列鉴定了普通烟草基因组中的LBD基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发育和表达谱分析。结果表明:普通烟草基因组中共有98个LBD基因成员,其基因结构相对简单,一般含有1~3个外显子。LBD基因家族可分成I和II两大类,两类均含有CX_2CX_6CX_3C保守结构域,但II类不含有LX_6LX_3LX_6L形成的"卷曲螺旋"二级结构,根据与拟南芥LBD蛋白构建的系统发育树则可细分成5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id和II)。将LBD基因与表达序列标签(EST)比对,发现36个基因有EST证据;EST、芯片数据和转录组数据分析表明:LBD基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。这些研究结果为普通烟草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基础。
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| 关 键 词： | 普通烟草 LBD基因家族 系统进化 基因表达 |
| 收稿时间： | 2014-11-14 |
| 修稿时间： | 2015-09-14 |
Genome-wide sequence identification and expression analysis of the LBD gene family in Nicotiana Tabacum |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Nicotiana tabacum LBD gene family phylogenetic evolution gene expression |
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