| 西洋梨水孔蛋白基因家族的全基因组鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 冉昆,孙岩,孙晓莉,魏树伟,王宏伟,张勇,王少敏. 西洋梨水孔蛋白基因家族的全基因组鉴定及表达分析[J]. 植物遗传资源学报, 2016, 17(2): 326-336. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.02.018 |
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| 作者姓名： | 冉昆 孙岩 孙晓莉 魏树伟 王宏伟 张勇 王少敏 |
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| 作者单位： | 山东省果树研究所,泰安,271000 |
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| 基金项目： | 山东省农业科学院青年科研基金(2015YQN41),山东省良种工程项目(梨优质矮化、多抗功能基因挖掘与种质创新利用2014),现代农业(梨)产业技术体系(CARS-29),"十二五"农村领域国家科技计划(2014BAD16B034),山东省自然科学基金(ZR2015YL075) |
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| 摘 要： | 水孔蛋白(AQPs,aquaporins)是高效转运水分子的膜内在蛋白,具有丰富的多样性,在调控植物的水分关系中有重要作用。本研究利用西洋梨(Pyrus communis L.‘Bartlett’)基因组数据库,通过生物信息学手段鉴定西洋梨PcAQPs基因家族成员;并利用MEGA 6.0.5软件,采用邻接法构建系统发育树;利用GSDS 2.0软件进行基因结构分析,MEME程序进行Motif分析,AgBase v2.00程序进行GO分析;采用半定量RT-PCR技术研究PcAQPs基因组织表达情况。结果表明,西洋梨基因组中共有54个PcAQPs家族成员,均含有AQP特征结构域和保守的Motif基序,根据基因结构及系统进化分析可分为PIP、TIP、NIP和SIP等4个亚家族。不同基因间结构差别较大,但聚类关系较近的基因其结构类似。GO分析发现,多数PcAQPs基因具有转运蛋白活性,参与物质转运、应激反应、发育和代谢等生物学过程,但不同亚家族成员构成的细胞组分及参与的生物学过程具有明显差异。半定量结果表明,大多数PcAQPs基因在根、茎、叶和果实中均有表达,而且不同基因家族、不同基因间的组织表达模式存在差异。该研究为今后西洋梨PcAQPs基因的克隆和功能分析奠定了基础。
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| 关 键 词： | 西洋梨 水孔蛋白 全基因组分析 表达分析 |
| 收稿时间： | 2015-03-24 |
| 修稿时间： | 2015-04-29 |
Identification and Expression Analysis of the AQPs Gene Family in Pyrus communis |
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| Ran Kun,and. Identification and Expression Analysis of the AQPs Gene Family in Pyrus communis[J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2016, 17(2): 326-336. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.02.018 |
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| Authors: | Ran Kun and |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Pyrus communis aquaporins whole genome analysis expression analysis |
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