| 金针菇高表达基因的密码子偏好性及特征分析 |
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| 引用本文： | 陈奕钊,李晓宇,吴家来,胡佳,刘媛媛,叶新怡,李慧,陶永新. 金针菇高表达基因的密码子偏好性及特征分析[J]. 菌物学报, 2022, 41(6): 939-951. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210390 |
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| 作者姓名： | 陈奕钊 李晓宇 吴家来 胡佳 刘媛媛 叶新怡 李慧 陶永新 |
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| 作者单位： | 1 福建农林大学园艺学院,福建 福州 3500022 福建农林大学生命科学学院菌物研究中心,福建 福州 3500023 河北省农林科学院经济作物研究所,河北 石家庄 050051 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31902088);福建省自然科学基金(2019J01380);福建农林大学杰出青年科研人才计划项目(xjq201919);福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017184);福建省种业创新与产业化工程项目(zycxny2021012);河北省重点研发计划项目(19226368D);河北省重点研发计划项目(21326315D) |
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| 摘 要： | 为探究金针菇的密码子偏好性,挖掘高表达基因的特征信息,以金针菇基因组及转录组数据为材料,分析金针菇的密码子偏好性及其影响因素,并对发育阶段高表达基因进行功能注释和顺式元件分析。分析表明,金针菇高表达基因表现出较强的密码子偏好性,且其偏好密码子多以胞嘧啶(C)结尾,此外在高表达基因中存在6种氨基酸的最优密码子较为保守。在进化过程中,金针菇高表达基因密码子偏好性受到自然选择压力的影响较大。功能注释分类表明,高表达基因多为核糖体通路相关的基因,与蛋白质翻译和生物合成相关。顺式元件分析表明,高表达基因启动子区域大多存在MeJA响应元件、ABA响应元件、光响应元件及MYB转录因子结合元件。研究结果可为提高金针菇异源表达效率和挖掘强启动子提供理论基础和思路。
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| 关 键 词： | 金针菇 密码子偏好性 高表达基因 |
| 收稿时间： | 2021-09-28 |
Codon preference and characteristic analysis of the genes highly expressed in Flammulina filiformis |
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| CHEN Yizhao,LI Xiaoyu,WU Jialai,HU Jia,LIU Yuanyuan,YE Xinyi,LI Hui,TAO Yongxin. Codon preference and characteristic analysis of the genes highly expressed in Flammulina filiformis[J]. Mycosystema, 2022, 41(6): 939-951. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210390 |
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| Authors: | CHEN Yizhao LI Xiaoyu WU Jialai HU Jia LIU Yuanyuan YE Xinyi LI Hui TAO Yongxin |
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| Affiliation: | 1 College of Horticulture, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China2 Mycological Research Center, College of Life Sciences, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China3 Institute of Cash Crops, Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Shijiazhuang 050051, Hebei, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Flammulina filiformis codon preference high expression genes |
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