| 木屑处理迷宫栓孔菌Zn(II)-Cys(6)转录因子差异表达分析 |
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| 引用本文： | 李姝璇,池玉杰. 木屑处理迷宫栓孔菌Zn(II)-Cys(6)转录因子差异表达分析[J]. 菌物学报, 2022, 41(4): 546-560. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210397 |
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| 作者姓名： | 李姝璇 池玉杰 |
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| 作者单位： | 东北林业大学林学院,黑龙江 哈尔滨 150040 |
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| 基金项目： | 中央高校基本科研业务费专项资金(2572017AA17);2018外国文教专家聘请计划高校重点项目(T2018013) |
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| 摘 要： | Zn(II)-Cys(6)蛋白是一类仅存在于真菌中的锌指转录因子,其在迷宫栓孔菌(曾用名“偏肿革裥菌”) Trametes gibbosa中的相关研究较少。本研究对木屑处理后的迷宫栓孔菌进行转录组测序分析,以期挖掘到差异表达的Zn(II)-Cys(6)转录因子,为后续进一步对其功能的分析提供支持。首先,对在木屑处理下的T. gibbosa木质素降解酶进行了酶活检测,确认迷宫栓孔菌能有效降解木质素。之后,用木屑分别处理迷宫栓孔菌0、3、5、7和11 d,提取菌丝总RNA,利用高通量测序技术对这5个菌丝样本进行了转录组测序分析。通过COG、GO、Pfam和Swiss等数据库进行功能注释分析,鉴定出迷宫栓孔菌中全部的Zn(II)-Cys(6)家族转录因子基因,并进一步筛选出7个差异表达基因。进一步又对这7个差异基因的表达及蛋白结构进行了分析,绘制表达趋势热图,同时也对其理化性质,二、三级结构,疏水性等生物学特性进行了预测。通过构建系统发育树、预测Motif序列等初步分析了它们的进化关系及特性。最后,对这7个基因又利用RT-qPCR技术,进一步验证了转录组测序的结果。本研究从转录水平分析并鉴定出在木屑处理条件下迷宫栓孔菌中7个差异表达的Zn(II)-Cys(6)转录因子,研究结果将对后续研究迷宫栓孔菌中Zn(II)-Cys(6)转录因子的功能和表达调控机制有重要的参考价值。
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| 关 键 词： | 迷宫栓孔菌 转录组 Zn(II)-Cys(6)转录因子 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2021-10-05 |
Analysis of the differentially expressed Zn(II)-Cys(6) transcription factors in Trametes gibbosa treated with sawdust |
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| LI Shuxuan,CHI Yujie. Analysis of the differentially expressed Zn(II)-Cys(6) transcription factors in Trametes gibbosa treated with sawdust[J]. Mycosystema, 2022, 41(4): 546-560. DOI: 10.13346/j.mycosystema.210397 |
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| Authors: | LI Shuxuan CHI Yujie |
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| Affiliation: | School of Forestry, Northeast Forestry University, Harbin 150040, Heilongjiang, China |
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| Abstract: | |
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