| 基因芯片数据预处理方法(LnMR和RAln)的评估和比较 |
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| 引用本文： | 郑乔舒,岳淏伟,杨云锋. 基因芯片数据预处理方法(LnMR和RAln)的评估和比较[J]. 微生物学通报, 2015, 42(5): 817-825 |
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| 作者姓名： | 郑乔舒 岳淏伟 杨云锋 |
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| 作者单位： | 清华大学环境学院 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室 北京 100084,清华大学环境学院 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室 北京 100084,清华大学环境学院 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室 北京 100084 |
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| 摘 要： | 【目的】评估并比较两种基因芯片数据预处理方法(LnMR和RAln)。【方法】以西藏高寒草甸草原夏季放牧实验和中国东部农田土壤移栽与玉米种植交互作用实验的两套基因芯片数据为例，利用等级-丰度曲线、均匀度指数、单因素方差分析、Q-Q图、α多样性和响应比等统计方法评估预处理效果。【结果】两种方法均能有效缩小极值和信号差异，改善信号分布，减小随机误差，提高数据正态性，增强实验结果的趋势，使芯片数据更适于进一步统计分析。两种预处理方法各有特点，LnMR法更适合检测不同处理间微生物结构差异，RAln法可以一定程度上消除基因芯片测定的系统误差。【结论】LnMR法和RAln法是两种行之有效的基因芯片预处理方 法，在实际分析中，研究者应根据研究需要合理选择。
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| 关 键 词： | 基因芯片，数据预处理，微生物功能基因，微生物生态，LnMR，RAln |
Evaluation and comparison of GeoChip data pre-processing methods: LnMR and RAln |
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| ZHENG Qiao-shu,YUE Hao-wei and YANG Yun-feng. Evaluation and comparison of GeoChip data pre-processing methods: LnMR and RAln[J]. Microbiology China, 2015, 42(5): 817-825 |
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| Authors: | ZHENG Qiao-shu YUE Hao-wei YANG Yun-feng |
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| Affiliation: | State Key Joint Laboratory of Environment Simulation and Pollution Control, School of Environment, Tsinghua University, Beijing 100084,State Key Joint Laboratory of Environment Simulation and Pollution Control, School of Environment, Tsinghua University, Beijing 100084 and State Key Joint Laboratory of Environment Simulation and Pollution Control, School of Environment, Tsinghua University, Beijing 100084 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | GeoChip data pre-process microbial functional gene microbial ecology LnMR RAln |
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