基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性 |
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引用本文: | 张飞燕,金洁,刘超,王芸,谢丽分,张晓迪,邬继文,吕龙宝. 基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性[J]. 中国实验动物学报, 2019, 0(3): 366-373 |
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作者姓名: | 张飞燕 金洁 刘超 王芸 谢丽分 张晓迪 邬继文 吕龙宝 |
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作者单位: | 中国科学院昆明动物研究所;中国科学院昆明灵长类研究中心 |
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摘 要: | 目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4区,采用IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。
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关 键 词: | 普通棉耳狨猴 粪便 高通量测序 物种组成 优势菌群 |
Analysis of microbial diversity in feces of the common cotton-eared marmosets by high-throughput sequencing |
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Affiliation: | (Kunming Institute of Zoology,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650000,China;Kunming Primate Research Center,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650223) |
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Abstract: | ZHANG Feiyan;JIN Jie;LIU Chao;WANG Yun;XIE Lifen;ZHANG Xiaodi;WU Jiwen;LYU Longbao(Kunming Institute of Zoology,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650000,China;Kunming Primate Research Center,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650223) |
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Keywords: | common cotton-eared marmoset feces Illumina MiSeq species composition microbial diversity |
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