| 橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因的电子克隆及分析 |
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| 引用本文： | 仇 键,刘实忠,张志平,魏 芳,杨文凤,罗世巧,校现周. 橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因的电子克隆及分析[J]. 生物信息学, 2013, 11(3): 209-215 |
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| 作者姓名： | 仇 键 刘实忠 张志平 魏 芳 杨文凤 罗世巧 校现周 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院橡胶研究所,农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室,海南儋州571737 |
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| 基金项目： | 国家天然橡胶产业体系（CARS-34-GW7）和中国热带农业科学院橡胶研究所基本科研业务费专项（1630022011021）资助. |
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| 摘 要： | 利用电子克隆方法获得两条橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因（IDI）的eDNA序列和编码区基因组序列，分别命名为TkIDI1和TklDl2，并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行系统进化、亚细胞定位、活性位点、高级结构等方面的预测和分析。结果显示，TklDI1的eDNA序列长度为980bp，包含一个696bp的开放读码框（ORF），编码232个氨基酸，预测定位于内质网或叶绿体上；TkIDl2的eDNA序列长度为1038bp，包含一个843bp的ORF，编码281个氨基酸，预测定位于线粒体或叶绿体；而他们的截短转录本蛋白定位于胞质中，且都具有过氧化物酶体定位信号。结构分析表明TkIDI1和TkIDI2与植物IDI蛋白同源，活性位点保守，高级结构与其他植物的IDI均具有高度的相似性。
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| 关 键 词： | 橡胶草 异戊烯焦磷酸异构酶 电子克隆 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2012-11-02 |
| 修稿时间： | 2012-11-26 |
In silicon cloning and bioinformatic analysis of isopentenyl diphosphate isomerase genes in Taraxacum kok-saghyz |
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| QIU Jian,LIU Shi-zhong,ZHANG Zhi-ping,WEI Fang,YANG Wen-feng,LOU Shi-qiao and XIAO Xian-zhou. In silicon cloning and bioinformatic analysis of isopentenyl diphosphate isomerase genes in Taraxacum kok-saghyz[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2013, 11(3): 209-215 |
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| Authors: | QIU Jian LIU Shi-zhong ZHANG Zhi-ping WEI Fang YANG Wen-feng LOU Shi-qiao XIAO Xian-zhou |
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| Affiliation: | ( Key Laboratory of Biology and Genetic Resources of Rubber Tree, Ministry of Agriculture P. R. China ; Rubber Research Institute, CATAS, Danzhou 571737, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Taraxacum Kok-saghyz Isopentenyl Diphosphate Isomerase （I13I） In Silicon Cloning Bioinformatics Analysis |
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