| 木质素生物合成酶CCR基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陈刚,徐秉良,白江平.木质素生物合成酶CCR基因的生物信息学分析[J].生物信息学,2013,11(1):50-57. |
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| 作者姓名： | 陈刚 徐秉良 白江平 |
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| 作者单位： | 陈刚 (甘肃农业大学草业学院、草业生态系统教育部重点实验室、中-美草地畜牧业可持续发展研究中心、甘肃省草业工程实验室,甘肃兰州730070;甘肃省干旱生境作物学重点实验室-甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室,甘肃兰州730070)； 徐秉良 (甘肃农业大学草业学院、草业生态系统教育部重点实验室、中-美草地畜牧业可持续发展研究中心、甘肃省草业工程实验室,甘肃兰州730070甘肃省干旱生境作物学重点实验室-甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室,甘肃兰州730070)；白江平 (甘肃农业大学草业学院、草业生态系统教育部重点实验室、中-美草地畜牧业可持续发展研究中心、甘肃省草业工程实验室,甘肃兰州730070;甘肃省干旱生境作物学重点实验室-甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室,甘肃兰州730070)； |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(项目编号：31060261,30671267)甘肃省自然科学基金项目(项目编号：1107RGZA152)共同资助 |
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| 摘 要： | 肉桂酰辅酶A还原酶(Cinnamoyl-CoA reductase,CCR)是催化木质素特异途径的第一个关键酶,是调节碳素流向木质素潜在的控制关节点,对木质素单体的生物合成起着重要作用。通过NCBI数据库收集来自裸子植物、单子叶植物及双子叶植物的35条CCR基因的完整信息,对35条CCR基因的cDNA及其编码的氨基酸序列的进化规律、理化性质、结构域、导肽、信号肽、跨膜结构域、亲/疏水性以及蛋白质结构等性状进行了生物信息学分析与预测,构建了CCR基因的系统发育树。分析结果表明,单子叶植物CCR基因中GC的含量明显高于双子叶植物;CCR基因编码的氨基酸序列存在9个保守区域;所编码氨基酸的理化性质基本一致,但单子叶、双子叶及裸子植物的CCR基因编码主要氨基酸的种类和含量存在着差异;CCR蛋白的N-端存在一个脱氢酶/差向异构酶/辅酶Ⅰ结合蛋白的结构域,无导肽、信号肽及跨膜结构域,属亲水性蛋白;进化树绘制以及同源建模结果表明,CCR基因的进化和植物的进化基本一致,CCR蛋白三级结构模型的空间结构稳定,建模结果可靠。分析结果对于深入研究CCR蛋白在木质素合成中的作用具有一定的理论指导意义。
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| 关 键 词： | 木质素 CCR基因 生物信息学 进化树 同源建模 |
| 收稿时间： | 8/8/2012 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2012/8/30 0:00:00 |
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