| 优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律 |
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| 引用本文： | 周志军,韩媛吕,甄云霞,柴金艳. 优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律[J]. 环境昆虫学报, 2019, 41(4) |
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| 作者姓名： | 周志军 韩媛吕 甄云霞 柴金艳 |
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| 作者单位： | 河北大学生命科学学院,动物系统学与应用重点实验室,河北保定071002;河北大学生命科学学院,动物系统学与应用重点实验室,河北保定071002;河北大学生命科学学院,动物系统学与应用重点实验室,河北保定071002;河北大学生命科学学院,动物系统学与应用重点实验室,河北保定071002 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;河北省自然科学基金面上项目 |
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| 摘 要： | 优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 3_2.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。
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| 关 键 词： | 优雅蝈螽 高通量测序 简单重复序列 转录组 基因组浅层测序 |
Identification, characteristics and distribution of SSR loci in the transcriptome and genome skimming of Gampsocleis gratiosa (Orthoptera: Tettigoniidae) |
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| ZHOU Zhi-Jun,HAN Yuan-Lv,ZHEN Yun-Xi,CHAI Jin-Yan. Identification, characteristics and distribution of SSR loci in the transcriptome and genome skimming of Gampsocleis gratiosa (Orthoptera: Tettigoniidae)[J]. Journal of Environmental Entomology, 2019, 41(4) |
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| Authors: | ZHOU Zhi-Jun HAN Yuan-Lv ZHEN Yun-Xi CHAI Jin-Yan |
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