| 一株粗糙脉孢菌的分离、鉴定及其基因组变异和功能分析 |
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| 引用本文： | 林标声,何玉琴,陈小红,罗茂春. 一株粗糙脉孢菌的分离、鉴定及其基因组变异和功能分析[J]. 微生物学通报, 2020, 47(3): 771-781 |
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| 作者姓名： | 林标声 何玉琴 陈小红 罗茂春 |
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| 作者单位： | 1 龙岩学院生命科学学院 福建 龙岩 364012;2 预防兽医学与生物技术福建省高等学校重点实验室 福建 龙岩 364012,1 龙岩学院生命科学学院 福建 龙岩 364012,1 龙岩学院生命科学学院 福建 龙岩 364012,1 龙岩学院生命科学学院 福建 龙岩 364012;2 预防兽医学与生物技术福建省高等学校重点实验室 福建 龙岩 364012 |
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| 基金项目： | 中央引导地方科技发展专项资金资助项目(2018L3003) |
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| 摘 要： | 【背景】粗糙脉孢菌LY03是从武平传统"红菌豆腐"中分离得到的主要发酵菌株。【目的】研究粗糙脉孢菌LY03菌株的基因组信息,揭示武平传统"红菌豆腐"发酵特性。【方法】采用形态学观察、ITS鉴定、重测序及框架图测序对所分离的LY03菌株进行鉴定和基因组信息解析。【结果】武平传统"红菌豆腐"中分离得到的主要发酵菌株LY03确定为粗糙脉孢菌,将其在中国普通微生物菌种保藏管理中心进行专利保藏,保藏号为CGMCC3.19233。LY03菌株比对到参考基因组上的总Read数目为95.85%,测序对应深度的位点占全基因组76.13%;各变异类型在内含子区域均无变异,主要变异存在于基因组的外显子区域,具体变异数量为:单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)位点变异总数203128个、插入缺失(insertion/deletion,In Del)突变总和26859个、拷贝数变异(copy number variation,CNV)增加和减少的拷贝总数1 039个、结构变异(structure variation,SV)注释的变异总数777个;LY03菌株...
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| 关 键 词： | 红菌豆腐 粗糙脉孢菌 分离鉴定 基因组 序列分析 |
Isolation, identification, genome variation and functional analysis of a strain form Neurospora crassa |
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| LIN Biao-Sheng,HE Yu-Qin,CHEN Xiao-Hong and LUO Mao-Chun. Isolation, identification, genome variation and functional analysis of a strain form Neurospora crassa[J]. Microbiology China, 2020, 47(3): 771-781 |
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| Authors: | LIN Biao-Sheng HE Yu-Qin CHEN Xiao-Hong LUO Mao-Chun |
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| Affiliation: | 1 College of Life Sciences, Longyan University, Longyan, Fujian 364012, China;2 Fujian Provincial Key Laboratory for the Prevention and Control of Animal Infectious Diseases and Biotechnology, Longyan, Fujian 364012, China,1 College of Life Sciences, Longyan University, Longyan, Fujian 364012, China,1 College of Life Sciences, Longyan University, Longyan, Fujian 364012, China and 1 College of Life Sciences, Longyan University, Longyan, Fujian 364012, China;2 Fujian Provincial Key Laboratory for the Prevention and Control of Animal Infectious Diseases and Biotechnology, Longyan, Fujian 364012, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Red fungus tofu Neurospora crassa isolation and identification genome sequencing and analysis |
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