外显子与内含子序列的分形尺度参数可分性研究

近年来， 关于ＤＮＡ 序列的分形尺度特性的研究引起了研究者广泛的兴趣， 许多研究表明，ＤＮＡ 序列的外显子和内含子区域具有不同的分形尺度特性，这有可能成为区别外显子和内含子序列的特征之一。文中应用ＷＴＭＭ（ Ｗａｖｅｌｅｔ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍ Ｍｏｄｕｌｕｓ Ｍａｘｉｍ） 方法分析ＤＮＡ 序列的分形结构，计算表征分形结构尺度特性的量化参数 Ｈｌｄｅｒ 指数。考虑到外显子序列的三联体编码特性， 计算了ＤＮＡ 序列及三个不同的相位序列分别在三种ＤＮＡ ｗａｌｋ 方式下得到的序列的Ｈｌｄｅｒ 指数，并将每个Ｈｌｄｅｒ 指数作为一维特征，考察外显子与内含子序列的分布。计算结果表明，只按单个分形尺度参数来看，外显子与内含子不具有可分性。在此基础上，从模式识别的角度出发， 将外显子与内含子视为由此构成的多维特征空间中的两个模式类， 由此设计基于ＬＬＭ（ＬｏｃａｌＬｉｎｅａｒ Ｍａｐ） 神经网络的分类器，并对分类器的错误率进行估计，实验结果表明外显子序列与内含子序列在此特征空间中具有聚类特性，从而表明以这一组分形尺度参数作为序列特征，外显子与内含子具有可分性。这一结果为研究外显子与内含子序列的识别算法提供了新的线索

FRACTAL SCALING PROPERTY ANALYSIS OF EXON AND INTRON SEQUENCES