| 中国人群肠道微生物鸟枪法宏基因组测序研究进展 |
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| 引用本文： | 尹业师,喻嵘,陈华海. 中国人群肠道微生物鸟枪法宏基因组测序研究进展[J]. 生物工程学报, 2021, 37(11): 3717-3733 |
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| 作者姓名： | 尹业师 喻嵘 陈华海 |
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| 作者单位： | 1 湖南科技学院 化学与生物工程学院 湘南优势植物资源综合利用湖南省重点实验室，湖南 永州 425199;2 湖南中医药大学，湖南 长沙 410208 |
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| 基金项目： | 湖南省自然科学基金杰出青年基金 (No. 2020JJ2016) 资助。 |
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| 摘 要： | 肠道微生物与人类健康的相关性研究仍然是当前生命科学研究领域的前沿热点之一。不依赖培养的16Sr RNA基因高通量测序是当前的主要研究手段。但随着测序成本的降低和数据分析方法的日渐成熟,宏基因组鸟枪法测序因具有信息量更大、更全等优势,将逐渐成为今后一段时间内研究肠道微生物组的重要手段。美国在人类微生物组计划的资助下,对30 805份样品进行了肠道微生物宏基因测序分析。通过NCBI Pub Med和SRA数据库检索,共发现72项研究收集了约10000份中国人的肠道样品用于宏基因组测序。但到目前为止,仅56项研究进行了公开发表,其中与代谢性疾病相关的文献16篇,与感染和免疫性疾病相关的文献16篇,与心脑血管疾病相关的文献12篇。由于采样地点以北京、广州、上海等大城市为主,测序平台和测序分析方法均存在较大差异,且大部分研究仍以相关性分析为主,相关研究成果在临床疾病诊疗中所发挥的作用仍非常有限。规范采样方法、标准化测序平台和数据分析流程,开展多中心平行研究将有助于数据整合和比较分析。同时,结合使用转录组、蛋白质组和培养组学等多组学方法开展功能验证和分子作用机制研究,将有利于更好地将肠道微生物研究...
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| 关 键 词： | 中国人 肠道微生物 鸟枪法测序 宏基因组 |
| 收稿时间： | 2021-07-23 |
Shotgun metagenome sequencing of Chinese gut microbiota: a review |
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| Yeshi Yin,Rong Yu,Huahai Chen. Shotgun metagenome sequencing of Chinese gut microbiota: a review[J]. Chinese journal of biotechnology, 2021, 37(11): 3717-3733 |
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| Authors: | Yeshi Yin Rong Yu Huahai Chen |
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| Affiliation: | 1 Key Laboratory of Comprehensive Utilization of Advantage Plants Resources in Hunan South, College of Chemistry and Bioengineering, Hunan University of Science and Engineering, Yongzhou 425199, Hunan, China;2 Hunan University of Chinese Medicine, Changsha 410208, Hunan, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Chinese gut microbiota shotgun sequencing metagenome |
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