| 基于单细胞转录组的视网膜母细胞瘤进展特征分析 |
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| 引用本文： | 许凯龙,聂巍巍,童倩雯,马立新,刘洁,王洋. 基于单细胞转录组的视网膜母细胞瘤进展特征分析[J]. 生物工程学报, 2022, 38(10): 3809-3824 |
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| 作者姓名： | 许凯龙 聂巍巍 童倩雯 马立新 刘洁 王洋 |
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| 作者单位： | 湖北大学 生命科学学院 省部共建生物催化与酶工程国家重点实验室, 湖北 武汉 4300622 哈尔滨第四医院 眼科, 黑龙江 哈尔滨 150001;Department of Ophthalmology, Harbin Fourth Hospital, Harbin 150001, Heilongjiang, China |
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| 基金项目： | 知识创新专项——曙光计划项目（202210701251325）；湖北省教育厅青年人才项目（202110701301003） |
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| 摘 要： | 视网膜母细胞瘤（retinoblastoma，RB）是婴幼儿最常见的眼内恶性肿瘤。在RB进展过程中的关键致病因素目前尚不十分清楚。因此，识别与RB进展密切相关的基因能为病情诊断及基因治疗提供重要信息。然而，肿瘤组织具有很强的细胞异质性，不同病理状态下的细胞，其功能及基因表达都可能呈现显著的差异。本研究从公共基因表达数据库（gene expression omnibus，GEO）下载了1例4个月肿瘤患者和1例2年患者的肿瘤及癌旁组织的单细胞转录组测序数据，从单细胞水平解析不同患病时长的RB肿瘤转录图谱，鉴定与RB进展有潜在关联的细胞亚群及基因集。结果显示，肿瘤组织与癌旁组织在单细胞转录图谱上具有整体的一致性，但视锥前体G1期细胞群、G2期细胞群以及小胶质细胞群在肿瘤与癌旁组织中的分布比例存在明显差异。进一步分析了这3种细胞群在RB肿瘤进展过程中的作用。研究发现，在RB肿瘤的早期阶段，视锥前体细胞在G1期异常增殖，随着RB肿瘤的进展，视锥前体G2期细胞比例显著增加。同时，RB进展过程的小胶质细胞群差异分析结果显示，主要参与免疫应答的关键基因包括RPL23、B2M、HLA家族基因。本研究可为RB发病机制及进展研究提供更多新视角和数据资源。
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| 关 键 词： | 视网膜母细胞瘤 单细胞转录组测序 肿瘤异质性 肿瘤 视锥细胞 |
| 收稿时间： | 2022-06-23 |
Analysis of progress characteristics of retinoblastoma based on single cell transcriptome sequencing |
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| XU Kailong,NIE Weiwei,TONG Qianwen,MA Lixin,LIU Jie,WANG Yang. Analysis of progress characteristics of retinoblastoma based on single cell transcriptome sequencing[J]. Chinese journal of biotechnology, 2022, 38(10): 3809-3824 |
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| Authors: | XU Kailong NIE Weiwei TONG Qianwen MA Lixin LIU Jie WANG Yang |
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| Affiliation: | State Key Laboratory of Biocatalysis and Enzyme Engineering, School of Life Sciences, Hubei University, Wuhan 430062, Hubei, China;Department of Ophthalmology, Harbin Fourth Hospital, Harbin 150001, Heilongjiang, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | retinoblastoma scRNA-seq tumor heterogeneity tumor cones |
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