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| 毛竹基因组大小和序列构成的比较分析 | |
| 引用本文： | 桂毅杰,王晟,全丽艳,周昌平,龙士豹,郑华军,金亮,张宪银,马乃训,樊龙江.毛竹基因组大小和序列构成的比较分析[J].中国科学C辑,2007,37(4):488-492. |
| 作者姓名： | 桂毅杰 王晟 全丽艳 周昌平 龙士豹 郑华军 金亮 张宪银 马乃训 樊龙江 |
| 作者单位： | 1. 浙江大学作物科学研究所/生物信息学研究所,杭州,310029 2. 浙江安吉竹博园,安吉,313300 3. 国家人类基因组南方研究中心,上海,201203 4. 中国林业科学院亚热带林业研究所,富阳,311400 |
| 基金项目： | 教育部跨世纪优秀人才培养计划 |
| 摘 要： | 毛竹(P. pubescens)是世界重要的竹类植物之一, 是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种. 毛竹属于禾本科, 为四倍体(4x = 48), 是该科中特殊的草本植物. 禾本科中多个基因组已被或正在被测序, 但竹类植物基因组研究还未见报 道. 本研究以被测序的玉米(B73)和水稻(日本晴) 基因组作为内参, 利用流式细胞仪(FCM)获得大小约为2034 Mb毛竹基因组, 其与玉米基因组大小相仿, 远大于水稻基因组. 为了明确毛竹基因组是否与玉米基因组一样由大量重复序列组成, 进行了毛竹基因组随机测序, 获得近1000条基因组调查序列(GSS). 序列分析表明, 毛竹基因组的重复序列组成比例23.3%, 明显低于玉米(65.7%); 其重复序列主要由Ty1/Copia和Gypsy/DIRS1 2类LTR逆转座子(14.7%)构成, DNA转座子和其他重复序列比例均较低. 但由于测序数量等原因,该结果还有待今后更大规模的基因组测序分析. 本研究对毛竹和其他竹种的基因组学研究提供了一些有价值的基础数据, 同时该研究是第一次对竹类植物基因组的序列构成进行了初步描述. |
| 关 键 词： | pubescens) 基因组大小 重复序列 基因组调查序列 流式细胞仪 毛竹(P. |
| 收稿时间： | 2007-03-05 |
| 修稿时间： | 2007年3月5日 |
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